合同中约定由第三方付款是合法的，但必须满足一定的条件并明确相关条款。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法性依据
意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体在民事活动中遵循自愿原则，有权自主约定合同的内容，包括付款方式等条款。因此，合同双方约定由第三方付款，是双方真实意思表示，符合意思自治原则。
债务转移或代为履行的法律规定：
- 债务转移：如果经债权人同意，债务人可以将合同债务全部或部分转移给第三方承担。这种情况下，第三方成为新的债务人，直接对债权人负有付款义务。
- 代为履行：合同也可以约定由第三方代债务人履行债务。只要该约定不违反法律规定和合同性质，就是合法有效的。若第三方不履行或履行不符合约定，由债务人承担违约责任。
二、合同条款的明确性
为了确保合同中第三方付款条款的合法性和有效性，合同中应明确以下关键内容：
第三方的基本信息：
- 包括第三方的名称、地址、联系方式等，以便确认身份和后续沟通。
付款方式及账户信息：
- 说明具体的付款方式（如银行转账、第三方支付平台等），并提供债权人指定的银行账户信息，包括开户银行、账户名称和账号。
付款数额及期限：
- 详细列出付款的金额以及具体的时间要求，避免产生歧义或延误。
违约责任：
- 明确如果第三方未能按时足额付款，债务人应承担的违约责任，以及债权人可以采取的救济措施。
三、实践中的注意事项
取得第三方的同意：
- 虽然合同双方可以约定由第三方付款，但最好取得第三方对付款义务的认可，以确保其愿意并有能力履行该义务。如果第三方拒绝履行付款义务，付款责任可能回归到合同约定的原付款方。
警惕潜在风险：
- 在涉及将款项支付给第三方的情况下，应特别警惕潜在的诈骗风险。特别是当第三方是陌生人或未经核实的情况下，应进行充分的调查和安全评估，以确定第三方的可信度和可靠性。
保留相关证据：
- 在第三方付款过程中，各方应妥善保留相关证据，如付款凭证、通知记录等，以备不时之需。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
四、法律后果
对债权人的责任：
- 如果债务人未向第三方履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。这意味着债权人仍然有权依据合同向债务人主张权利。
对第三人的责任：
- 在法律规定或当事人约定的情况下，第三人可以直接请求债务人向其履行债务。若债务人未履行或履行不符合约定，且第三人未在合理期限内明确拒绝，第三人可以请求债务人承担违约责任。同时，债务人对债权人的抗辩也可以向第三人主张。
实例说明
例如，A公司与B公司签订货物买卖合同，约定由C公司代替A公司向B公司支付货款。在这种情况下，只要三方对此都明确同意并在合同中详细注明相关条款，且符合合同约定和法律规定，指定第三方C公司付款就是可行的。但如果C公司未能按约付款，B公司仍有权向A公司主张权利，A公司在承担责任后可再向C公司追偿。
综上所述，合同中约定由第三方付款是合法的，但需要在合同中明确约定相关条款，并确保合同的有效性、安全性和第三方的意愿。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。