降级后补发停发工资的处理需根据具体情形确定，核心在于判断降级及停发工资的合法性，再据此确定补发工资的处理方式，具体如下：
若降级及停发工资行为合法
- 合法情形判断：用人单位依据合法有效的规章制度（如经民主程序制定、已公示或告知劳动者）、劳动合同约定或法定情形（如劳动者严重违反规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等）对劳动者进行降级处理，并相应停发部分工资（如降级后工资标准降低，且降低后的工资不低于当地最低工资标准），此时降级及停发工资行为合法。
- 补发工资处理：在这种情况下，用人单位无需补发停发的工资。因为用人单位是基于合法理由按照新的工资标准发放工资，劳动者要求补发缺乏法律依据。不过，若劳动者认为用人单位的降级决定存在错误或不合理之处，可与用人单位协商沟通，要求重新审查降级决定；若协商无果，可通过劳动争议调解组织进行调解，或依法申请劳动仲裁、提起诉讼，请求撤销降级决定并恢复原工资待遇，但需承担相应的举证责任，证明用人单位的降级决定违法或不合理。
若降级及停发工资行为违法
- 违法情形判断：用人单位无正当理由（如未出现法定或约定的降级情形）对劳动者进行降级，或者虽有一定理由但降级后的工资低于当地最低工资标准，或者未按照法定程序进行降级处理（如未事先告知劳动者降级原因、依据等），均可能构成违法降级及停发工资。
- 补发工资处理：
- 补发差额：用人单位应当按照劳动者原工资标准与实际发放工资标准的差额，向劳动者补发停发期间的工资。例如，劳动者原月工资为 5000 元，降级后月工资变为 3000 元，且降级行为违法，若停发了 2 个月工资，则用人单位应补发（5000 - 3000）× 2 = 4000 元。
- 经济补偿：若用人单位的违法行为导致劳动者解除劳动合同，用人单位还需按照劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
- 赔偿损失：若用人单位的违法行为给劳动者造成了其他损失（如因工资停发导致无法按时偿还贷款而产生的逾期利息等），劳动者有权要求用人单位予以赔偿。劳动者可通过与用人单位协商、申请劳动争议调解、仲裁或提起诉讼等途径，要求用人单位承担相应的补发工资、经济补偿及赔偿损失等责任。