公司赔偿时，加班工资的计算需根据加班类型及法律规定综合确定，具体分析如下：

1. 加班类型与工资倍数
   根据《劳动法》第四十四条，加班工资计算需区分三种情形：

   • 工作日加班：支付不低于工资的150%的工资报酬（如日工资200元，加班1小时应支付200÷8×1.5=37.5元）；
     
   • 休息日加班：若未安排补休，支付不低于工资的200%的工资报酬（如周末加班1天，应支付200×2=400元）；
     
   • 法定节假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬（如春节加班1天，应支付200×3=600元）。
     

2. 赔偿场景下的加班工资计算
   若公司因违法解除劳动合同需支付赔偿金（如未提前30日通知解除），赔偿金基数为劳动者离职前12个月平均工资，该平均工资包含加班工资。例如：

   • 劳动者月工资5000元（含加班费1000元），公司违法解除需支付赔偿金=5000×2（工作年限系数）=10000元；
     
   • 若未将加班费计入平均工资，可能因基数降低导致赔偿金额减少，劳动者可主张补足差额。

3. 举证责任与证据要求
   劳动者需证明加班事实及工资标准，常见证据包括：

   • 考勤记录（如打卡记录、加班审批单）；
     
   • 工资条（显示加班费发放情况）；
     
   • 同事证言或工作邮件、聊天记录等辅助证据。
     若公司未提供相反证据，法院可能采信劳动者主张的加班时间及工资标准。

建议：若公司未依法支付加班工资或赔偿金，可先与公司协商；协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。具体操作可进一步向我咨询。