企业将工资拆分发放，确实可能影响仲裁加班费的计算与认定，但具体影响需结合拆分方式、证据情况及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 工资拆分发放的合法性基础与潜在风险

• 合法拆分：若企业将工资拆分为基本工资、岗位津贴、绩效工资等合理组成部分，且拆分后的各部分均符合劳动合同约定及最低工资标准，这种拆分本身不违法。但需注意，加班费的计算基数应为劳动者正常工作时间下的“应得工资”，包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入（扣除加班费、非常规性奖金等）。若企业拆分后仅以基本工资作为加班费计算基数，可能因降低计算标准而被认定为违法。
• 违法拆分：若企业通过拆分工资规避法定义务（如将部分工资以“报销”“补贴”等名义发放，且未纳入工资总额统计），或拆分后导致加班费计算基数低于当地最低工资标准，则可能面临劳动行政部门处罚，并在仲裁中承担不利后果。

2. 工资拆分对加班费仲裁的具体影响

• 证据要求：劳动者主张加班费时，需证明加班事实及加班费计算基数。若工资拆分后，企业未明确告知各部分性质，或未在劳动合同、工资条中注明，劳动者可能因证据不足而难以主张权利。例如，若企业将部分工资以“保密费”“竞业限制补偿”等名义发放，但实际与加班无关，劳动者需证明这些费用不应纳入加班费计算基数。
• 计算基数争议：根据《劳动法》第四十四条，加班费计算基数为“正常工作时间工资”。若企业拆分工资后，仅以基本工资作为计算基数，而劳动者能证明其他部分（如奖金、津贴）属于“正常工作时间工资”的组成部分，则仲裁机构可能支持以全部应得工资作为计算基数。反之，若劳动者无法证明，则可能仅以基本工资为基数。

3. 劳动者如何应对工资拆分问题

• 保留证据：劳动者应妥善保存劳动合同、工资条、银行流水、考勤记录等证据，以证明工资构成及加班事实。若企业未提供工资条，劳动者可要求企业出具，或通过银行流水、微信转账记录等间接证明。
• 主张权利：若发现企业拆分工资导致加班费计算不公，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求企业补发加班费差额。仲裁时，劳动者需证明：1）存在加班事实；2）加班费计算基数低于实际应得工资；3）企业拆分工资的行为存在主观恶意或违法性。
• 法律后果：若仲裁机构认定企业拆分工资违法，可能责令企业补发加班费差额，并可能对企业处以罚款。同时，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条，以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并主张经济补偿。

4. 企业合规建议

• 明确工资构成：企业应在劳动合同中明确工资构成及各部分性质，避免模糊表述。工资条应详细列明基本工资、奖金、津贴等各部分金额，并由劳动者签字确认。
• 合法计算加班费：企业应以劳动者正常工作时间下的应得工资为基数计算加班费，不得擅自降低计算标准。若需拆分工资，应确保拆分后的各部分均符合法律规定，且不影响加班费计算。
• 避免恶意拆分：企业不得通过拆分工资规避法定义务（如最低工资标准、社保缴纳基数等），否则可能面临法律风险。

总结：工资拆分发放本身不必然影响加班费仲裁，但若拆分方式违法或导致加班费计算基数不公，劳动者可依法主张权利。企业应合规拆分工资，明确工资构成，避免法律风险。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业建议。