结论：矿工两天后第三天去写离职单，那两天是否算旷工，主要取决于公司的规章制度以及员工旷工的具体情况是否符合该制度的规定。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了旷工的定义、旷工的处罚措施，以及旷工与离职手续办理之间的关系，那么应当首先遵循这些规定。例如，如果制度中明确指出“员工旷工两天及以上，视为自动离职，无需再办理离职手续”，那么在这种情况下，员工第三天去写离职单可能并不改变其前两天的旷工性质。
- 如果公司的规章制度没有明确规定，或者规定较为模糊，那么就需要结合实际情况和劳动法的相关规定进行判断。
劳动法的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，员工旷工属于违反劳动纪律的行为，用人单位有权根据规章制度进行处罚。但是，劳动法并没有直接规定旷工多少天后员工就自动离职或无需办理离职手续。
- 在实际操作中，如果员工旷工两天后第三天主动提出离职并办理离职手续，这通常被视为员工主动解除劳动合同的行为。然而，这并不意味着前两天的旷工行为就可以被忽视或免除责任。用人单位仍然有权根据规章制度对旷工行为进行处罚，如扣除工资、给予警告或记过等。
实际情况的角度：
- 在实际操作中，很多公司对于旷工的处理会相对灵活。如果员工旷工两天后第三天能够主动回来办理离职手续，并且态度诚恳、愿意承担旷工的责任，那么公司可能会考虑不给予过于严厉的处罚。
- 但是，如果员工旷工期间给公司造成了损失，或者旷工行为严重违反了公司的规章制度，那么公司仍然有权依法追究员工的责任。
建议：
- 对于员工而言，如果因特殊原因需要旷工，最好提前与公司沟通并说明情况，尽量减少对公司的影响。如果已经旷工，应尽快主动与公司联系并办理离职手续，以表明自己的态度和诚意。
- 对于公司而言，应制定明确的规章制度，并确保员工了解并遵守这些规定。在处理旷工行为时，应依法依规进行，既要维护公司的利益，也要保障员工的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果员工旷工行为严重违反了公司的规章制度，公司有权依法解除劳动合同，并可能要求员工承担因此造成的损失。
- 如果公司未依法处理旷工行为，或者处理不当，员工有权依法维护自己的合法权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。
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