结论：在承包给没有资质的自然人，且该自然人聘用的人员发生损害，同时工伤认定超过时间的情况下，仍然可以起诉，但具体起诉的路径和可能的结果会因具体情况而异。以下是从不同角度的详细分析：

1. 起诉的法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，虽然工伤认定是享受工伤保险待遇的前提，但并未明确规定超过工伤认定时间就完全丧失起诉的权利。在实际操作中，如果因各种原因（如用人单位未及时申请、劳动者自身原因等）导致工伤认定超过时间，劳动者或其近亲属仍然可以通过法律途径寻求救济。
   • 特别是当承包关系存在，且承包方（即没有资质的自然人）未履行其应尽的安全保障义务，导致聘用人员发生损害时，受害者或其近亲属有权依据《民法典》中关于侵权责任的规定，向承包方（自然人）以及可能的发包方（如果发包方存在过错，如未尽到资质审查义务）提起民事诉讼，要求赔偿损失。

2. 起诉的路径选择：

   • 直接起诉承包方：如果损害是由承包方（没有资质的自然人）的直接行为或疏忽导致的，受害者或其近亲属可以直接起诉承包方，要求其承担侵权责任。
   • 起诉发包方（如果存在过错）：如果发包方在发包过程中存在过错，如未对承包方的资质进行严格审查，或者明知承包方没有资质仍然发包，那么发包方也可能需要承担一定的法律责任。在这种情况下，受害者或其近亲属可以同时起诉发包方和承包方，要求他们共同承担赔偿责任。

3. 可能面临的挑战与应对：

   • 证据收集：在起诉过程中，证据的收集是关键。受害者或其近亲属需要收集能够证明损害事实、承包关系、发包方过错（如果存在）以及损害与承包方行为之间因果关系的证据。
   • 法律适用：由于涉及多个法律领域（如工伤保险、侵权责任、合同关系等），法律适用可能较为复杂。因此，在起诉前，建议咨询专业律师，以确保法律适用的准确性和有效性。
   • 诉讼时效：虽然工伤认定可能超过时间，但民事诉讼的时效问题仍需注意。根据《民法典》的规定，一般民事诉讼的时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，在决定起诉前，应确保仍在诉讼时效期间内。

4. 建议与总结：

   • 在面对此类复杂情况时，建议受害者或其近亲属首先咨询专业律师，以全面了解自身的法律权益和可能的救济途径。
   • 同时，应积极收集相关证据，为可能的诉讼做好充分准备。
   • 最后，需要强调的是，虽然工伤认定超过时间可能带来一些挑战，但并不意味着完全丧失起诉的权利。通过合理的法律途径和策略，仍然有可能获得应有的赔偿和救济。

如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的解答。