针对公司被小股东控制且法定代表人（小股东）不配合办理工商变更手续的问题，可采取以下法律措施：

1. 股东会决议层面：

   • 召开股东会：首先，应依据公司章程的规定，召集并召开股东会会议。在会议中，就工商变更事项进行表决。若小股东虽为法定代表人但持股比例未达到足以阻止决议通过的程度（即非绝对控股），则可通过股东会决议形成有效决定，要求法定代表人配合办理工商变更手续。
   • 决议效力：确保股东会决议内容合法、程序合规，以增强其法律效力。若小股东拒绝执行股东会决议，可依据《公司法》及相关司法解释，向法院提起诉讼，请求确认股东会决议的效力，并要求法定代表人履行决议内容。

2. 法定代表人变更层面：

   • 变更法定代表人：若小股东作为法定代表人确实不配合工作，且其行为已损害公司利益，其他股东可通过股东会决议，选举新的法定代表人，并依据《公司登记管理条例》等相关规定，向工商行政管理部门申请变更登记。在此过程中，需准备充分的证据材料，如股东会决议、新法定代表人的身份证明等，以证明变更的合法性和必要性。
   • 强制执行：若小股东仍拒绝配合，且工商行政管理部门因法定代表人未到场等原因拒绝办理变更登记，可向法院申请强制执行。法院在审查相关证据后，若认为变更登记请求合法有据，将裁定工商行政管理部门办理变更登记手续。

3. 法律诉讼层面：

   • 提起诉讼：若上述措施均无法奏效，其他股东可考虑向法院提起诉讼，要求小股东（法定代表人）履行配合办理工商变更手续的义务。在诉讼过程中，需充分举证证明小股东的不配合行为已对公司造成损害，以及变更工商登记的紧迫性和必要性。
   • 诉讼策略：在制定诉讼策略时，可考虑同时请求法院对小股东的股权进行限制或冻结，以防止其通过转让股权等方式进一步损害公司利益。同时，也可请求法院判决小股东承担因不配合办理工商变更手续而给公司造成的损失赔偿责任。

4. 公司章程与内部治理层面：

   • 完善公司章程：为避免类似情况再次发生，建议公司完善章程规定，明确法定代表人的职责和权限，以及股东会、董事会等决策机构的议事规则和表决程序。通过制度设计，增强公司内部治理的规范性和有效性。
   • 加强内部治理：加强公司内部治理结构的建设和完善，提高决策效率和执行力。例如，可以设立专门的监督机构或委员会，对法定代表人的行为进行监督和约束；同时，加强股东之间的沟通和协作，形成共识和合力，共同推动公司的发展。

在处理此类问题时，还需注意以下几点：

• 保持冷静和理性：在处理与小股东的纠纷时，应保持冷静和理性，避免情绪化决策和行动。通过合法途径解决问题，维护公司的稳定和利益。
• 充分准备证据材料：在采取法律措施前，应充分准备相关证据材料，如股东会决议、公司章程、财务报表等，以证明自己的主张和请求的合法性和合理性。
• 寻求专业法律支持：在处理复杂的法律问题时，建议寻求专业律师的支持和协助。律师可以提供专业的法律意见和策略建议，帮助公司更好地应对法律挑战和风险。

若您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况和需求，提供全面、专业的法律服务。