针对“小股东是法人大股东变更法人不同意怎么办”这一问题，我们可以从以下几个角度进行详细分析和解答：

1. 明确法律依据与决策程序

首先，需要明确的是，法定代表人的变更属于公司重大事项，其决策程序需严格遵循《中华人民共和国公司法》及公司章程的规定。

• 决策主体：根据《公司法》，法定代表人的变更通常由股东会或董事会决议通过，具体决策主体及表决比例需依据公司章程确定。
• 表决比例：若公司章程未特别约定，对于有限责任公司，更换法定代表人一般需经代表三分之二以上表决权的股东同意；对于股份有限公司，则需经出席会议的股东所持表决权过半数通过（但修改公司章程等特别事项需三分之二以上）。

2. 小股东的表决权与异议处理

• 表决权限制：小股东单独反对不影响决议效力，除非公司章程或股东协议中明确赋予其特殊权利（如一票否决权）。在大多数情况下，小股东的反对意见不会阻碍法定代表人变更的合法程序。
• 异议处理：若小股东对变更决议持有异议，公司应首先尝试通过协商沟通解决分歧。了解反对原因，解释变更的必要性，并尝试通过利益补偿（如股权回购、分红调整）等方式达成共识。

3. 具体操作步骤

• 核查公司章程：确认章程中关于法定代表人变更的表决权比例及特殊约定。
• 召开合法有效的股东会：
  • 通知程序：提前15日书面通知全体股东会议时间、地点及议题。
  • 表决方式：按章程规定的表决权比例进行投票，形成书面决议并签字确认。
• 处理小股东异议：
  • 协商沟通：如前所述，通过透明化信息、解释变更必要性等方式争取理解。
  • 司法救济：若小股东无正当理由阻挠，且决议程序合法、内容不违反法律强制性规定，公司可通过诉讼确认决议效力（《公司法》第22条）。
• 办理工商变更登记：凭有效股东会决议、新法人身份证明等材料，向登记机关提交变更申请。

4. 注意事项与风险防范

• 避免程序瑕疵：确保通知送达、表决记录完整，防止因程序问题导致决议无效。
• 防范法律风险：若小股东以决议损害其利益为由起诉，公司需提供充分证据证明决议合法性，如会议记录、表决结果等。
• 善用调解机制：在诉讼前可尝试通过第三方调解机构化解矛盾，降低诉讼成本和时间成本。

5. 示例说明

假设某有限责任公司注册资本100万元，A股东持股70%（大股东），B股东持股30%（小股东）。若公司章程规定变更法人需经代表三分之二以上表决权的股东同意，则A股东单方即可通过决议。此时：

• A股东应依法通知B股东参会。
• 若B股东缺席或反对，A股东仍可形成有效决议。
• B股东若认为权益受损，可向法院起诉请求撤销决议，但需提供证据证明存在欺诈、胁迫等情形。

综上所述，当小股东作为法人不同意大股东变更法人时，公司应首先依据法律规定和公司章程进行表决；若小股东持反对意见但不影响决议通过，可继续推进变更流程；若反对意见强烈且无法通过协商解决，则可通过司法途径确认决议效力。在整个过程中，公司需确保程序合法、证据充分，以防范法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。