当遇到小股东担任法定代表人但不协助变更的情况时，公司可以采取以下措施来应对：
结论前置
公司应首先尝试通过内部协商和股东会决议来解决，若协商无果，则可通过法律途径强制要求变更，并完善公司治理机制以预防类似问题再次发生。
具体措施
查看公司章程并召开股东会：
- 首先，公司应查看章程中对法定代表人变更的具体规定及流程，并按章操作。
- 若章程无特殊规定，公司应召开股东会，由代表三分之二以上表决权的股东通过决议来变更法定代表人。
向市场监管部门申请变更登记：
- 若股东会已依法作出变更决议，但小股东仍不配合，公司可持相关决议、申请书等材料向市场监督管理部门申请变更登记。
采取法律手段强制推进变更：
- 若因小股东阻碍无法形成有效决议，公司可通过诉讼途径解决，请求法院判令小股东配合完成法定代表人变更手续，并凭借生效裁判文书申请变更登记。
- 此外，公司也可以考虑向市场监督管理部门举报公司未及时履行法定变更义务，借助行政力量督促整改。
完善公司治理机制：
- 为预防类似问题再次发生，公司应优化章程设计，明确法定代表人任免的具体条件、流程及争议解决机制。
- 同时，强化信息披露，建立定期向全体股东通报高管履职情况的制度，增强管理透明度。
- 还可以考虑在投资协议中约定股东不配合公司治理时的股权回购条款，形成有效约束。
法律依据
- 《中华人民共和国公司法》第十三条规定了公司可以设立子公司和分公司，并明确了其法人资格和民事责任，为理解公司法定代表人的变更提供了法律基础。
- 《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十四条明确规定了市场主体变更登记事项的时限和要求，为公司申请变更登记提供了法律依据。
- 《企业信息公示暂行条例》第十七条规定了未按规定履行公示义务的法律后果，为公司采取行政投诉渠道提供了支持。
综上所述，面对小股东担任法定代表人但不协助变更的情况，公司应综合运用内部协商、股东会决议、法律手段和完善公司治理机制等多种措施来解决问题，并确保变更程序的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。