针对您提出的“法定代表人不配合变更登记怎么办”的问题，这确实是一个在有限责任公司运营过程中可能遇到的棘手情况。不过，别担心，广州市市场监督管理局已经出台了相关政策来应对这一问题，即《广州市市场监督管理局关于有限责任公司法定代表人变更容缺登记的意见(试行)》。以下是我根据该政策为您详细解答：

一、政策背景与目的

该政策旨在解决因公司内部矛盾，如法定代表人侵占公章、营业执照等，导致无法正常办理法定代表人变更登记的问题。通过实施容缺登记制度，降低制度性交易成本，提升市场主体登记效率，进一步优化广州市的法治化营商环境。

二、容缺登记的适用范围与情形

容缺登记主要适用于有限责任公司因公司内部矛盾等原因，导致法定代表人变更登记申请材料未能加盖公章、未能缴回营业执照，但申请人承诺按期补正的情形。这意味着，即使当前材料不齐全，只要符合一定条件，仍然可以申请变更登记。

三、申请容缺登记的条件

要申请容缺登记，需要同时满足以下条件：

1. 公章、营业执照被侵占：这是导致无法正常办理变更登记的直接原因。
2. 变更法定代表人依法经代表三分之二以上表决权的股东同意（公司章程另有规定的从其规定）：这确保了变更法定代表人是公司的真实意思表示。
3. 承诺限期补正申请材料：申请人需要承诺在一定期限内补正缺失的材料。

四、申请材料与办理程序

在申请容缺登记时，除了常规的变更登记申请书外，还需要提交以下材料：

1. 容缺登记申请书：明确说明申请容缺登记的原因和承诺补正材料的期限。
2. 公章和营业执照被侵占的情况说明：详细描述公章和营业执照被侵占的情况，以及因此导致的无法正常办理变更登记的困难。
3. 依法召开股东会的相关材料：证明变更法定代表人已经得到了代表三分之二以上表决权的股东同意。

登记机关在收到申请后，会进行审慎审查，并在予以容缺登记的同时，提高审查要求，以维护股东的合法权益。

五、不予容缺登记的情形

当然，并非所有情况都适用容缺登记。如果登记前已存在股东会决议效力待定或可能影响表决权比例的情形，或者登记机关认为适用本意见存在较大争议或者困难的，将不适用容缺登记。

六、建议与行动

1. 收集证据：首先，您需要收集公章、营业执照被侵占的证据，以及股东会同意变更法定代表人的决议等材料。
2. 准备申请材料：根据上述要求，准备容缺登记申请书、情况说明和股东会相关材料等。
3. 提交申请：向广州市市场监督管理局提交申请，并等待其审慎审查。
4. 补正材料：在承诺的期限内，尽快补正缺失的材料，以确保变更登记的顺利完成。

希望以上解答能够帮助您解决法定代表人不配合变更登记的问题。如果您在操作过程中遇到任何困难或疑问，欢迎随时向我咨询。