当部分小股东不配合进行法人变更流程时，公司可以采取以下步骤来推进该流程：

首先，明确结论：变更公司法人并不需要全部股东的同意，只需要经过三分之二以上表决权的股东同意即可（除非公司章程另有规定）。因此，即使部分小股东不配合，只要满足这一表决比例，法人变更仍可进行。

具体步骤如下：

1. 查阅公司章程与法律规定：

   • 仔细查阅公司章程，明确其中关于变更法人的具体规定和程序要求。
   • 同时，了解《公司法》等相关法律法规对于法定代表人变更的具体程序和条件。

2. 尝试沟通与协商：

   • 在正式采取法律手段之前，可以尝试与不配合的小股东进行沟通，了解其不配合的原因，并尝试通过协商解决分歧。

3. 依法召集并召开股东会：

   • 按照公司章程及《公司法》的规定，召集并召开股东会会议。
   • 确保会议的合法性，包括提前通知所有股东、确保会议的召开符合法定程序。
   • 在会议上，就法定代表人变更事宜进行表决，并确保表决结果达到法定或章程规定的比例。

4. 形成有效决议并采取行动：

   • 股东会形成的关于法定代表人变更的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过（除非公司章程另有规定）。
   • 一旦决议有效通过，公司应立即着手准备变更登记所需的相关材料，包括股东会决议、新法定代表人的身份证明、任职文件以及公司营业执照正副本等。
   • 向原公司登记机关提交变更申请，并按照登记机关的要求完成变更登记手续。

5. 应对不配合的情况：

   • 如果部分小股东在股东会后仍然不配合办理变更登记手续，公司可以通过法律途径解决。
   • 例如，向法院提起诉讼，请求判决不配合的股东履行配合办理变更登记的义务。在此过程中，要注意收集相关证据，如股东会决议、聊天记录、会议纪要等，以增加胜诉的可能性。

6. 完成变更登记与后续事宜：

   • 在取得法院生效判决或所有必要股东配合的情况下，尽快完成变更登记手续。
   • 确保所有变更材料齐全、准确，并符合登记机关的要求。
   • 完成变更登记后，及时更新公司的相关证照和文件，确保公司的正常运营。

综上所述，即使部分小股东不配合进行法人变更流程，公司仍可以通过依法召集股东会、形成有效决议并采取行动来推进该流程。必要时，可以通过法律途径解决不配合的情况，确保公司的正常运营和发展。