小股东不同意更换法人时，公司仍可通过合法程序进行更换，但需遵循公司章程及相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、公司章程的约定
若公司章程未规定需全体股东同意：
- 根据公司法和一般实践，更换公司法人通常不需要全体股东的同意。公司可以通过召开股东会，由股东会通过决议来更换法人。这种情况下，即使小股东不同意，只要决议获得了足够比例的股东支持（通常是三分之二以上），就可以进行法人的更换。
若公司章程规定需全体股东同意：
- 如果公司章程中明确规定了更换法人需要全体股东的同意，那么在小股东不同意的情况下，公司就无法直接进行法人的更换。此时，公司可能需要与小股东进行协商，寻求其同意，或者考虑修改公司章程以改变这一规定。
二、更换法人的具体流程
召开股东会：
- 公司应按照公司章程的规定，召开股东会会议，并通知所有股东参加，包括小股东。会议上应就更换法人的事项进行讨论和表决。
作出股东会决议：
- 如果股东会决议通过了更换法人的事项，那么公司就可以根据这一决议去当地的工商部门进行登记变更。
办理工商变更登记：
- 公司需要准备相关的材料，如股东会决议、营业执照、新法人的身份证等，然后去工商部门办理法人的变更登记手续。
三、小股东的权益保护
参与股东会并表决：
- 小股东有权参加股东会会议，并对更换法人的事项进行表决。如果小股东不同意更换法人，可以在会议上表达自己的意见，并尝试说服其他股东。
寻求法律救济：
- 如果小股东认为更换法人的决议违反了公司章程或相关法律规定，可以寻求法律救济，如向法院提起诉讼，要求撤销该决议。
四、实际操作建议
与小股东进行充分沟通：
- 在决定更换法人之前，公司应与小股东进行充分的沟通，解释更换法人的原因和必要性，争取其理解和支持。
遵循公司章程和法律规定：
- 公司在更换法人时，应严格遵循公司章程和法律规定，确保程序的合法性和有效性。
准备充分的材料：
- 在去工商部门办理法人变更登记时，公司应准备充分的材料，如股东会决议、营业执照、新法人的身份证等，以确保变更手续的顺利进行。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。