结论：您已与公司签订补偿协议后发现怀孕，这一情况可能会对您与公司之间的补偿协议产生影响，但具体影响需根据协议内容、怀孕事实的发现时间以及相关法律法规来判断。以下是从不同角度为您详细分析的情况及建议。
一、协议内容与怀孕事实的关系
若协议中未提及怀孕相关事宜：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。若您与公司签订的补偿协议是基于双方协商一致解除劳动合同，且协议中未明确排除怀孕这一特殊情况，则您有权要求公司继续履行协议或就怀孕情况重新协商补偿。
- 建议：首先，仔细审查补偿协议的具体内容，确认是否涉及怀孕、产假等特殊情况的条款。若未涉及，您可以与公司沟通，说明怀孕情况，并尝试就补偿事宜进行重新协商，以达成更合理的补偿方案。
若协议中已明确排除怀孕等特殊情况：
- 法律背景：若协议中明确约定了“无论何种原因，包括但不限于怀孕、疾病等，均不影响本协议的效力”，则该条款可能构成对女职工特殊权益的限制。然而，根据《中华人民共和国妇女权益保障法》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期的合法权益受法律保护，任何对女职工特殊权益的限制均可能因违反法律强制性规定而无效。
- 建议：在此情况下，您仍可以与公司沟通，说明怀孕情况，并引用相关法律法规，要求公司重新考虑补偿事宜。若公司拒绝协商或坚持原协议，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
二、怀孕事实的发现时间对协议的影响
若怀孕事实在签订协议前已知但未告知公司：
- 法律分析：若您在签订补偿协议前已知自己怀孕但未告知公司，这可能构成对公司的隐瞒或欺诈。然而，除非协议中明确约定了“若乙方隐瞒怀孕等重要事实，则本协议无效”等类似条款，否则公司难以仅凭此理由主张协议无效。
- 建议：在此情况下，建议您主动与公司沟通，说明怀孕情况，并表达愿意就补偿事宜进行重新协商的诚意。通过积极沟通，您可能能够避免潜在的法律纠纷，并达成更合理的补偿方案。
若怀孕事实在签订协议后发现：
- 法律分析：若您在签订补偿协议后才发现自己怀孕，则这一情况属于协议签订后的新事实。根据诚实信用原则和公平原则，您有权要求公司就怀孕情况重新考虑补偿事宜。
- 建议：在此情况下，您应尽快与公司沟通，说明怀孕情况，并尝试就补偿事宜进行重新协商。若公司拒绝协商或提出不合理的补偿方案，您可以考虑咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
三、后续行动建议
- 保留证据：无论您选择与公司协商还是通过法律途径解决纠纷，都应保留好与补偿协议、怀孕事实相关的所有证据，如协议文本、医疗证明、沟通记录等。
- 积极沟通：在发现怀孕后，应尽快与公司进行沟通，说明情况，并表达愿意就补偿事宜进行重新协商的诚意。通过积极沟通，您可能能够避免不必要的法律纠纷。
- 咨询专业律师：若您在与公司沟通后仍无法达成一致意见，或公司拒绝协商、提出不合理的补偿方案，建议您咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律途径，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，怀孕是女性职工的特殊生理时期，您的合法权益受法律保护。在处理与公司之间的补偿协议问题时，请务必保持冷静、理性，并积极寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。