国企以员工不是在编员工为由解除劳动关系，这一行为是否合法，需分情况讨论：
若员工与国企签订了劳动合同，且合同中未明确约定“在编”为解除合同的条件：
- 国企以员工不是在编员工为由解除劳动关系，通常不合法。因为劳动合同是双方自愿、平等、协商一致的基础上签订的，只要员工没有违反劳动合同中的约定或法律法规的规定，国企就无权单方面解除劳动关系。
- 在这种情况下，员工可以依据《劳动合同法》的相关规定，要求国企继续履行劳动合同，或者要求国企支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金的标准通常是按照员工在国企的工作年限，每满一年支付两个月工资的标准来计算。
若员工与国企签订的劳动合同中明确约定了“在编”为合同生效或继续履行的条件：
- 如果员工确实不在编，且这一条件在合同中被明确为解除合同的依据，那么国企以员工不是在编员工为由解除劳动关系，在合同条款的约束下，可能被视为合法。但这种情况较为特殊，且合同条款的设定需严格遵守法律法规，不得违反公平、公正、诚实信用的原则。
- 即便合同中有此类约定，国企在解除劳动关系时，也应遵循正当程序，如提前通知员工、与员工协商等，并确保解除行为不违反其他法律法规的规定。
若员工与国企之间未签订书面劳动合同，但存在事实劳动关系：
- 国企以员工不是在编员工为由解除劳动关系，同样不合法。因为事实劳动关系也受法律保护，国企不能仅凭员工不在编就单方面解除劳动关系。
- 在这种情况下，员工可以依据《劳动合同法》中关于事实劳动关系的规定，要求国企支付未签订书面劳动合同的双倍工资差额，以及违法解除劳动关系的赔偿金。
法律建议：
- 对于员工而言，如果国企以不是在编员工为由解除劳动关系，员工应首先查看自己与国企签订的劳动合同，了解合同中是否有相关约定。如果没有约定或约定不明确，员工可以要求国企继续履行劳动合同或支付赔偿金。
- 如果员工与国企之间存在争议，建议员工及时收集相关证据，如工资单、工作证、考勤记录等，以证明自己与国企之间存在劳动关系。然后，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果国企违法解除劳动关系，除了需要支付赔偿金外，还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 对于员工而言，如果能够通过法律途径维护自己的权益，不仅可以获得经济上的补偿，还可以维护自己的尊严和权益。
总之，国企以员工不是在编员工为由解除劳动关系是否合法，需根据具体情况来判断。如果你面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。