关于工伤申请是否必须去公司注册地的问题，这实际上取决于公司的工伤保险参保情况以及公司注册地与生产经营地的关系。

首先，如果公司已经在注册地为职工参加了工伤保险，那么根据相关规定，职工在受到事故伤害或患职业病后，应在参保地，即公司注册地，进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按照参保地的规定依法享受工伤保险待遇。

然而，如果公司未在注册地参加工伤保险，或者公司注册地与生产经营地不在同一统筹地区，情况就有所不同。根据《人力资源社会保障部关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见(二)》的规定，未在注册地参加工伤保险的职工，可由用人单位在生产经营地为其参加工伤保险。在这种情况下，职工应在生产经营地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按照生产经营地的规定依法享受工伤保险待遇。如果公司未为职工参加工伤保险，那么职工同样应当在生产经营地进行工伤认定和劳动能力鉴定，并由用人单位按照生产经营地的规定支付工伤保险待遇。

以您提供的案例为例，某航运公司注册地在河南固始，但船舶长期停经宜昌市长江水域，且案发时已在猇亭云池港口停泊二十余天。职工吴某在船舶停泊在港口等待卸货过程中发生工伤事故。由于航运公司未为吴某缴纳工伤保险，因此吴某向宜昌市人社局申请工伤认定是符合规定的。宜昌市作为其受伤及船舶停靠的地点，可以理解为航运公司的生产经营地。

综上所述，工伤申请并不必须去公司注册地，而是应根据公司的工伤保险参保情况以及公司注册地与生产经营地的关系来确定。如果公司已在注册地参保，则去注册地申请；如果未参保或注册地与生产经营地不一致，则应在生产经营地申请。这样的规定旨在确保职工在遭受工伤时能够及时获得应有的赔偿和救治，维护其合法权益。