在工伤案件中，用人单位的认定主要涉及到工伤认定的程序以及用人单位在其中的责任和义务。以下是对这一问题的详细解答：
一、工伤认定的基本程序
根据《工伤认定办法》的相关规定，工伤认定应当遵循客观公正、简捷方便的原则，且认定程序应当向社会公开。具体程序如下：
申请提出：
- 职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病后，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 若用人单位未在规定时限内提出申请，受伤害职工或者其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接提出工伤认定申请。
申请材料：
- 提出工伤认定申请时，应当填写《工伤认定申请表》，并提交劳动、聘用合同文本复印件或者与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）、人事关系的其他证明材料，以及医疗机构出具的受伤后诊断证明书或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。
受理与审核：
- 社会保险行政部门收到工伤认定申请后，应当在15日内对申请人提交的材料进行审核。材料完整的，作出受理或者不予受理的决定；材料不完整的，应当以书面形式一次性告知申请人需要补正的全部材料。
- 社会保险行政部门决定受理的，应当出具《工伤认定申请受理决定书》；决定不予受理的，应当出具《工伤认定申请不予受理决定书》。
调查核实：
- 社会保险行政部门受理工伤认定申请后，可以根据需要对申请人提供的证据进行调查核实。调查核实工作应当由两名以上工作人员共同进行，并出示执行公务的证件。
- 调查核实过程中，有关单位和个人应当予以协助，用人单位、工会组织、医疗机构以及有关部门应当负责安排相关人员配合工作，据实提供情况和证明材料。
认定决定：
- 社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定决定，出具《认定工伤决定书》或者《不予认定工伤决定书》。
- 若职工或者其近亲属认为是工伤，而用人单位不认为是工伤的，由该用人单位承担举证责任。用人单位拒不举证的，社会保险行政部门可以根据受伤害职工提供的证据或者调查取得的证据，依法作出工伤认定决定。
二、用人单位在工伤认定中的责任和义务
及时申请工伤认定：
- 用人单位在职工发生事故伤害或者被诊断、鉴定为职业病后，有义务在规定时限内提出工伤认定申请。这是用人单位对职工权益的保障，也是其法律责任的体现。
配合调查核实：
- 在社会保险行政部门进行调查核实过程中，用人单位应当予以协助，提供必要的证明材料和情况说明。这是用人单位配合工伤认定工作的重要义务。
承担举证责任：
- 若职工或者其近亲属认为是工伤，而用人单位不认为是工伤的，用人单位需要承担举证责任。若用人单位拒不举证，社会保险行政部门将根据受伤害职工提供的证据或者调查取得的证据，依法作出工伤认定决定。
三、特殊情况下的工伤认定
- 若按照规定应当向省级社会保险行政部门提出工伤认定申请的，根据属地原则，应当向用人单位所在地设区的市级社会保险行政部门提出。
- 若社会保险行政部门受理工伤认定申请后，作出工伤认定决定需要以司法机关或者有关行政主管部门的结论为依据的，在司法机关或者有关行政主管部门尚未作出结论期间，作出工伤认定决定的时限中止。
综上所述，工伤案件中用人单位的认定主要涉及到工伤认定的基本程序以及用人单位在其中的责任和义务。用人单位应当严格遵守相关法律法规，及时为职工申请工伤认定，并配合社会保险行政部门的调查核实工作，以保障职工的合法权益。