结论：对方报警称您殴打他且验出轻伤二级，但缺乏其他证据的情况下，公安机关不一定会立案。是否立案需综合考量证据的充分性、伤情鉴定结果的合法性及是否存在其他合理怀疑等因素。以下从不同角度为您详细分析：
一、立案的法定条件
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条：“人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。”
关键点：立案需满足“有犯罪事实”且“需要追究刑事责任”两个条件。在您所描述的情况下，虽然对方验出了轻伤二级，但若缺乏其他证据（如现场监控、目击证人证言、您的自认等）来佐证您实施了殴打行为，则可能无法满足“有犯罪事实”的立案条件。
二、伤情鉴定结果的法律效力
伤情鉴定结果是公安机关决定是否立案的重要依据之一。但需注意：
- 鉴定程序的合法性：鉴定需由具有合法资质的鉴定机构和鉴定人进行，且鉴定过程需符合法定程序。若鉴定程序存在瑕疵，鉴定结果可能不被采信。
- 伤情与殴打行为的关联性：即使伤情鉴定结果为轻伤二级，也需证明该伤情是由您的殴打行为直接导致的。若存在其他可能导致伤情的原因（如对方自伤、意外等），则可能影响立案决定。
三、证据的充分性
在缺乏其他直接证据的情况下，仅凭伤情鉴定结果难以直接认定您实施了殴打行为。公安机关在审查立案时，会综合考虑所有证据材料，包括但不限于：
- 现场监控录像：若现场有监控录像且能清晰显示您实施了殴打行为，则将成为重要证据。
- 目击证人证言：若有目击证人且能提供详细、一致的证言，也将对立案产生积极影响。
- 您的自认或供述：若您在询问或讯问中承认实施了殴打行为，则将成为直接证据。
若缺乏上述证据，公安机关可能认为证据不足，从而决定不予立案。
四、可能的法律后果及建议
- 若公安机关决定立案：您将面临刑事侦查程序，包括被传唤、讯问、采取强制措施等。此时，您应积极配合调查，同时有权委托律师提供法律帮助。
- 若公安机关决定不予立案：对方若不服，可以申请复议。若复议结果仍维持不予立案决定，对方还可以向人民检察院提出立案监督请求。但无论如何，您都应保持冷静，依法维护自己的合法权益。
建议：
- 保留证据：若您认为对方指控不实，应尽可能收集并保留相关证据（如现场照片、视频、证人联系方式等），以备不时之需。
- 积极沟通：在公安机关调查过程中，您应积极配合并如实陈述事实。若有必要，可以委托律师代为沟通，以更好地维护您的权益。
- 关注进展：及时关注公安机关的立案进展，若收到不予立案通知书，应仔细审查理由并考虑是否需要申请复议或采取其他法律措施。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。