结论：停工留薪期期间单位将考勤记为年假通常是不合法的，但具体是否合法需根据劳动合同、公司规章制度以及实际情况来判断。
分析：
停工留薪期的性质：
- 停工留薪期是劳动者因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。在此期间，劳动者原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期是劳动者因工伤而享有的特殊待遇，其目的在于保障劳动者在工伤治疗期间的合法权益，确保其能够安心治疗，不因工伤而影响生活。
年假的性质：
- 年假是劳动者根据工作年限和法律规定享有的带薪休假权利。年假的目的是为了保障劳动者的休息权，提高劳动者的工作效率和生活质量。
- 年假的安排通常应由劳动者和用人单位协商确定，且应确保劳动者能够充分享受年假带来的休息和放松。
停工留薪期与年假的关系：
- 停工留薪期和年假是两种性质完全不同的待遇，它们的目的、适用条件和享受方式都存在显著差异。
- 在停工留薪期间，劳动者因工伤需要治疗，无法正常工作，因此不应将此期间视为年假。将停工留薪期记为年假，实际上剥夺了劳动者在工伤治疗期间应享有的工资福利待遇，也侵犯了劳动者享受年假的权利。
具体判断依据：
- 劳动合同和公司规章制度：首先，应查看劳动合同和公司规章制度中是否有关于停工留薪期和年假的具体规定。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了停工留薪期不计入年假，或者未将停工留薪期视为年假，那么单位将考勤记为年假就是不合法的。
- 实际情况和公平原则：即使劳动合同或公司规章制度中没有明确规定，也应根据实际情况和公平原则来判断。如果单位在停工留薪期间将考勤记为年假，导致劳动者无法享受应有的年假待遇，或者因此遭受了经济损失，那么这种做法也是不合法的。
建议：
- 如果劳动者在停工留薪期间被单位将考勤记为年假，首先应与单位进行沟通协商，要求单位纠正错误做法，并补发相应的工资福利待遇。
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
法律依据：
- 《工伤保险条例》第三十三条：职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：……（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；……。如果单位将停工留薪期记为年假导致劳动者遭受经济损失，劳动者可以依据此法申请劳动仲裁。
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