结论前置：部门领导在借调期间部门被撤销，其原待遇能否保证需视具体情况而定，主要取决于借调协议的约定、公司规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、借调协议的约定
协议明确约定待遇不变：
- 如果借调协议中明确约定了借调期间员工的原待遇（包括工资、福利等）不变，那么即使部门被撤销，公司也应按照协议约定继续支付原待遇。
- 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同的内容，包括工资待遇等。借调协议作为劳动合同的补充或变更，同样具有法律效力。
协议未明确约定或约定不明：
- 如果借调协议中未明确约定借调期间的待遇问题，或者约定不明，那么需要参考公司规章制度以及相关法律法规的规定。
二、公司规章制度的规定
公司规章制度有明确规定：
- 如果公司规章制度中明确规定了借调期间员工的待遇问题，比如借调期间原待遇不变，或者按照某种标准调整待遇，那么公司应按照规章制度执行。
- 注意点：公司规章制度需经过民主程序制定，且内容不违反法律法规的强制性规定，否则可能无效。
公司规章制度无明确规定：
- 如果公司规章制度中未明确规定借调期间的待遇问题，那么需要参考相关法律法规的规定，以及双方协商的结果。
三、相关法律法规的规定
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果劳动合同或借调协议中未约定借调期间的待遇问题，且公司规章制度也无相关规定，那么双方应协商确定待遇问题。
- 协商原则：协商应遵循公平、合理、自愿的原则，双方应充分沟通，达成一致意见。
其他相关法律法规：
- 除了《劳动合同法》外，还可能涉及《劳动法》、《工资支付暂行规定》等相关法律法规的规定。这些法律法规可能对借调期间的待遇问题有间接规定或指导意义。
四、实际操作建议
查看借调协议和公司规章制度：
- 首先，应查看借调协议和公司规章制度中关于借调期间待遇问题的规定，以确定公司是否有明确的义务支付原待遇。
与公司协商：
- 如果借调协议和公司规章制度中未明确规定待遇问题，或者规定不明确，那么应与公司进行协商，以达成一致意见。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，或者公司拒绝支付原待遇，那么可以考虑寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与启发：部门领导在借调期间部门被撤销，其原待遇能否保证是一个复杂的问题，需要综合考虑借调协议的约定、公司规章制度以及相关法律法规的规定。在实际操作中，建议先查看相关协议和规章制度，然后与公司进行协商，如果协商无果，可以考虑寻求法律援助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律帮助。