在合同或其他民事法律关系中，约定由甲方所在地人民法院管辖，该约定在符合法律规定的情况下是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、约定有效的条件

1. 双方真实意思表示：该约定必须是合同双方真实、自愿的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
2. 不违反级别管辖和专属管辖：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。因此，只要约定的甲方所在地与争议有实际联系，且不违反级别管辖和专属管辖，该约定就是有效的。

二、专属管辖的例外情况

尽管一般情况下约定甲方所在地法院管辖是有效的，但存在以下专属管辖的例外情况，此时约定可能无效：

1. 不动产纠纷：因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。如果合同纠纷涉及不动产，且双方约定由甲方所在地法院管辖，而甲方所在地并非不动产所在地，则该约定因违反专属管辖而无效。
2. 港口作业纠纷：因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖。若合同纠纷涉及港口作业，且双方约定由甲方所在地法院管辖，而甲方所在地并非港口所在地，则该约定同样因违反专属管辖而无效。
3. 继承遗产纠纷：因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。如果合同纠纷涉及继承遗产，且双方约定由甲方所在地法院管辖，而甲方所在地并非被继承人死亡时住所地或主要遗产所在地，则该约定也因违反专属管辖而无效。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确甲方所在地：在签订合同时，应清晰界定“甲方所在地”的具体含义和范围，以避免后续争议。对于自然人，通常指户籍所在地或经常居住地；对于法人或其他组织，则通常指注册地或主要办事机构所在地。
2. 书面形式要求：管辖协议必须采用书面形式，包括合同中的条款或单独的管辖协议等。口头约定不具有法律效力。
3. 协议的变更和撤销：如需变更或撤销管辖协议，应协商一致并采用书面形式，同时遵循相关法律规定。

四、法律后果

如果双方约定的管辖法院因违反级别管辖或专属管辖而无效，那么根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，案件将由有管辖权的人民法院审理。这可能导致诉讼成本的增加和诉讼时间的延长。

总结与建议：在合同中明确约定管辖法院时，应确保该约定符合《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，特别是要避免违反级别管辖和专属管辖的规定。同时，双方在签订合同时应充分理解并同意该管辖约定，以确保其在争议解决时的有效性和可执行性。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。