在满足一定条件下，公司有权开除长时间不上班的员工。但具体能否开除以及开除的法律后果，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、可以开除的情形

1. 严重违反规章制度：

   • 如果公司规章制度中明确界定了旷工情形及天数，例如连续旷工3天或累计旷工5天及以上视为严重违纪，并且该规章制度已经过民主程序制定并公示，确保员工知晓，那么员工长时间不上班且无正当理由，公司可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项，以劳动者严重违反用人单位规章制度为由，解除劳动合同，且通常无需支付经济补偿金。

2. 医疗期满不能工作：

   • 如果员工因患病或非因工负伤长期不能上班，医疗期届满后不能从事原工作或公司另行安排的工作，公司提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同，但需支付经济补偿金。

二、开除的法定程序

公司在开除员工时，必须遵循以下法定程序：

1. 确保规章制度合法合规：规章制度内容需符合法律法规，制定过程需经民主程序，并向员工公示。

2. 收集证据：保存考勤记录、请假申请等相关材料，作为员工长时间不上班的证据。

3. 了解未出勤原因并书面通知返岗：在决定开除前，应尝试联系员工了解其未出勤原因，并要求提供相关证明。若员工无正当理由长期未上班，应向员工发送书面通知，要求其在指定期限内返岗，并明确告知逾期不返岗的后果。通知应通过可留痕方式送达。

4. 履行通知义务：在解除劳动合同时，应依法履行通知或告知义务，确保员工知晓解除劳动合同的原因和依据。

三、特殊情形的处理

在以下特殊情形下，公司不能随意开除员工：

1. 怀孕员工：女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊时期，公司不能随意辞退。若违法辞退怀孕员工，员工可以要求继续履行合同或要求公司支付二倍的经济补偿金作为赔偿。

2. 工伤员工：员工因工伤长期不上班，公司应提供必要的支持和合理安排。若员工已康复但拒绝返岗，可协商调整岗位或依据公司规章制度处理。

3. 其他特殊保护对象：如员工患病或非因工负伤在规定的医疗期内，公司也不能随意开除。

四、法律后果与风险防范

• 若公司满足上述条件和程序后依法开除员工，通常是合法有效的。
• 若程序不合法或未遵循相关法律规定，员工有权通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
• 公司可能面临支付经济赔偿金、恢复劳动关系等法律风险。

综上所述，公司在处理长时间不上班的员工时，应综合考虑规章制度、法定程序、特殊情形等因素，以确保开除行为的合法性和有效性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。