公司以农保未减员为由两个月未缴纳社保不合法。具体分析如下：

1. 社保缴纳的法律规定：根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，并按时足额缴纳社会保险费用。这意味着，为员工缴纳社保是公司的法定义务，不以任何其他理由为前提或先决条件。

2. 农保未减员不是合理理由：农保未减员，即农村社会保险未办理减员手续，并不是公司可以不缴纳社保的合法理由。公司不能因为农保未减员就免除其为员工缴纳社保的责任。社保缴纳是基于劳动关系存在的，与农保是否减员无直接关联。

3. 公司的责任与义务：公司作为用人单位，有义务为其员工按时缴纳社保。如果公司未按规定缴纳社保，员工有权向相关部门投诉，并要求公司补缴社保及可能的滞纳金，甚至可能面临法律处罚。

综上所述，公司以农保未减员为由两个月未缴纳社保，违反了国家关于社会保险缴纳的相关法律规定，是不合法的。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我擅长处理劳动社保相关的法律纠纷，能为你提供专业的法律咨询。