结论：在行政处罚中，若违法所得包含在企业所得中，没收违法所得时是可以择取违法所得部分的，但需遵循法定程序和原则。
分析说明：
违法所得的定义与性质：
- 违法所得，通常指的是因违反法律、法规或规章而获得的利益。在企业经营活动中，若企业通过违法手段（如欺诈、偷税漏税、非法经营等）获得了额外的收益，这部分收益即构成违法所得。
- 违法所得与企业正常经营所得是分开的，尽管在实际操作中可能难以完全区分，但法律上要求对其进行明确界定和没收。
没收违法所得的法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关有权对违法行为人进行行政处罚，包括没收违法所得。
- 没收违法所得的目的是剥夺违法行为人因违法行为而获得的利益，以维护法律的公正和权威。
择取违法所得部分的合法性：
- 当违法所得包含在企业所得中时，行政机关在没收违法所得时，应当依法进行区分和计算，确保只没收违法所得部分，而不影响企业的正常经营所得。
- 这要求行政机关在执法过程中具备高度的专业性和严谨性，通过调查取证、审计核算等方式，准确确定违法所得的数额和范围。
执法程序与原则：
- 行政机关在没收违法所得时，必须遵循法定程序，如告知当事人权利、听取当事人陈述和申辩、制作行政处罚决定书等。
- 同时，行政机关应当遵循比例原则，确保没收违法所得的处罚与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应，避免过度处罚或处罚不足。
法律建议：
- 对于企业而言，应当严格遵守法律法规，避免违法行为的发生，以免面临没收违法所得等行政处罚。
- 若企业因违法行为被行政机关查处并面临没收违法所得的处罚，应当积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关证据和资料，以便行政机关准确区分违法所得与正常经营所得。
- 若企业对行政机关的处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 若行政机关在没收违法所得时未能准确区分违法所得与正常经营所得，可能导致企业遭受不必要的经济损失。
- 若企业拒绝配合行政机关的调查工作或提供虚假证据和资料，可能面临更严重的法律后果，如罚款、吊销营业执照等。
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