公司应首先通过书面形式（如邮件、短信、微信等可留痕方式）通知员工在规定时间内到公司核算工资，若员工仍不配合，公司可按照已核算的工资数额进行发放，并保留好相关证据以应对可能的争议。具体处理方式如下：
通知员工核算工资：公司应通过书面形式通知员工在规定时间内到公司进行工资核算。通知中应明确核算的时间、地点以及逾期不核算的后果，如公司将按照已掌握的考勤、绩效等数据核算工资并予以发放。这样做既体现了公司的合规性，也为后续可能出现的争议留下了证据。
按照已核算工资发放：若员工在规定时间内未到公司进行工资核算，公司可根据已掌握的考勤记录、绩效考核结果、加班记录等，按照劳动合同约定的工资构成和计算方式，核算出员工应得的工资数额，并按时发放。在此过程中，公司应确保核算的准确性和公正性，避免出现少发、错发等情况。
保留证据以应对争议：公司应妥善保管好与员工工资核算相关的所有证据，包括但不限于考勤记录、绩效考核表、加班申请单、工资条等。这些证据在后续可能出现的劳动争议中将起到至关重要的作用。若员工对工资数额提出异议，公司可凭借这些证据进行解释和说明，维护自身的合法权益。
考虑法律途径解决：若员工对工资数额存在严重异议，且双方无法协商解决，公司可考虑通过法律途径解决争议。在此之前，公司应咨询专业法律人士，了解相关法律法规和诉讼程序，确保自身的诉讼行为合法合规。