结论：公司平时请假扣周末工时的做法是否可以起诉，需根据具体情况判断，若该做法违反法律规定或劳动合同约定，劳动者有权通过法律途径维权。以下从不同角度进行分析：
一、从法律规定角度分析
工时制度与加班规定：
- 根据《劳动法》及相关规定，我国实行标准工时制，即劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。超出部分应视为加班，用人单位应支付加班费或安排补休。
- 若公司平时请假扣周末工时，实际上是将周末作为工作日来计算，这可能违反了工时制度的规定，尤其是当周末本应属于休息日时。
工资支付规定：
- 劳动者在请假期间，用人单位应按照劳动合同或公司规章制度支付工资或扣除相应工资。但扣除工资的方式应合法合理，不能随意将周末工时作为扣除对象。
- 若公司扣除周末工时作为请假期间的工资扣除，且该做法未在劳动合同或公司规章制度中明确约定，或约定不明确，则可能构成违法扣除工资。
二、从劳动合同与公司规章制度角度分析
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了请假期间的工资支付方式，且该约定不违反法律规定，则双方应按照约定执行。
- 若劳动合同中未约定或约定不明确，则应参照公司规章制度或相关法律法规执行。
公司规章制度：
- 公司规章制度是用人单位制定的组织劳动过程和进行劳动管理的规则和制度的总和。若公司规章制度中明确规定了请假期间的工资支付方式，且该规定不违反法律规定和劳动合同约定，则劳动者应遵守。
- 但若公司规章制度中的规定违反了法律规定或劳动合同约定，或未经民主程序制定、未公示告知劳动者等，则该规定可能无效，劳动者有权拒绝执行。
三、从维权途径角度分析
协商与调解：
- 若劳动者认为公司平时请假扣周末工时的做法违法或不合理，首先可以尝试与公司进行协商，寻求解决方案。
- 若协商无果，可以向劳动争议调解组织申请调解，通过第三方调解机构促成双方达成和解。
劳动仲裁与诉讼：
- 若调解无果或劳动者不愿调解，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司纠正违法行为并赔偿损失。
- 对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的合法权益。
建议：若您认为公司平时请假扣周末工时的做法违法或不合理，建议您先查阅劳动合同和公司规章制度中关于请假和工资支付的相关规定。若规定不明确或存在争议，可以与公司进行协商或向劳动争议调解组织申请调解。若问题仍未得到解决，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在维权过程中，请务必保留好相关证据，如劳动合同、工资条、请假记录等，以便在需要时提供证明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。