总经理要求各部门上交公章，这一行为是否合法，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公司章程与内部管理制度的角度
若公司章程或内部管理制度明确规定公章由特定部门或人员保管，且总经理的要求与之相悖：
- 在这种情况下，总经理的要求可能不合法。因为公司章程和内部管理制度是公司运营的基本规范，对全体员工具有约束力。总经理作为公司的高级管理人员，应当遵守这些规定，而不是随意改变公章的保管方式。
若公司章程或内部管理制度未明确规定公章的保管方式，或规定较为模糊：
- 总经理作为公司的高级管理人员，有权根据公司运营的需要，对公章的保管方式进行合理调整。但这种调整应当基于合理的商业判断，且不得损害公司的利益。如果总经理的要求是为了加强公章的管理，防止滥用或丢失，那么这一要求可能是合法的。
二、公章的法律性质与保管责任的角度
公章的法律性质：
- 公章是公司对外进行法律行为的重要凭证，具有法律效力。因此，公章的保管和使用必须严格遵守法律法规和公司章程的规定。
保管责任：
- 无论公章由哪个部门或人员保管，保管人都应当承担妥善保管的责任。如果因保管不善导致公章丢失、被盗用或滥用，保管人可能需要承担相应的法律责任。因此，总经理在要求上交公章时，应当明确保管责任，确保公章的安全。
三、实际操作中的建议
审查公司章程和内部管理制度：
- 在总经理提出上交公章的要求时，各部门应当首先审查公司章程和内部管理制度，了解公章的保管规定。如果规定明确且与总经理的要求相悖，可以提出异议并寻求法律支持。
与总经理沟通协商：
- 如果公司章程和内部管理制度未明确规定公章的保管方式，或规定较为模糊，各部门可以与总经理进行沟通协商，了解上交公章的具体原因和目的。如果认为这一要求合理且符合公司利益，可以配合执行；如果认为不合理或可能损害公司利益，可以提出改进建议或寻求其他解决方案。
寻求法律支持：
- 如果各部门对总经理的要求存在疑虑或争议，且无法通过沟通协商解决，可以寻求法律支持。可以咨询专业律师或法律机构，了解相关法律法规和案例，评估总经理要求的合法性，并据此采取相应的法律措施。
总结来说，总经理要求各部门上交公章是否合法，需结合公司章程、内部管理制度以及公章的法律性质和保管责任来判断。在实际操作中，各部门应当审查相关规定、与总经理沟通协商，并在必要时寻求法律支持。如果你对此有进一步的疑问或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。