公司公章归上级主管保管是否合理，需结合具体情况判断，但通常来说，这种做法存在不合理性及潜在法律风险。以下从不同角度进行分析：

1. 公司治理结构角度：

   • 在正常的公司治理结构中，公章作为公司的重要法律文件签署工具，其保管和使用应当遵循公司章程和相关管理制度。通常，公章由公司法定代表人或其授权的人员保管，以确保公司决策的合法性和有效性。
   • 如果公章由上级主管保管，这可能意味着公司治理结构存在异常，如法定代表人或管理层对公章的控制权被削弱，或者上级主管试图通过控制公章来干预公司运营。这种情况下，公章的保管和使用可能缺乏透明度和合规性，容易引发内部纠纷和法律风险。

2. 法律责任角度：

   • 公章的使用代表公司的意志，具有法律效力。如果公章被不当使用，如用于签署虚假合同、非法担保等，公司可能需要承担相应的法律责任。
   • 如果公章由上级主管保管，且该主管未经授权或超出授权范围使用公章，公司可能面临难以追责的风险。因为在实际操作中，很难证明公章的使用是上级主管的个人行为还是公司行为，从而增加了公司的法律风险。

3. 实际操作角度：

   • 公章的保管应当便于公司日常运营和决策的执行。如果公章由上级主管保管，可能导致公司在需要签署重要文件时无法及时获得公章，影响公司的运营效率和决策速度。
   • 此外，公章的保管还应当考虑安全性和保密性。如果公章由上级主管保管，且该主管的办公环境或保管方式存在安全隐患，可能导致公章被盗用或泄露，给公司带来不必要的损失。

建议：

• 公司应当制定明确的公章管理制度，规定公章的保管、使用、审批等流程，确保公章的使用符合公司意志和法律法规要求。
• 公章应当由公司法定代表人或其授权的人员保管，避免由上级主管等非授权人员保管。
• 如果公司确实需要由上级主管参与公章的管理或使用，应当通过明确的授权和审批流程来规范其行为，确保公章的使用合法、合规、透明。

如有任何关于公司公章保管或使用的疑问，或需要进一步了解相关法律风险及防范措施，请直接向我咨询。