事业单位年底调换领导干部是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法调换的情况
符合组织程序和规定：
- 事业单位调换领导干部，若严格按照组织程序进行，如经过民主推荐、考察、公示等环节，且符合相关人事管理规定，那么这种调换是合法的。
- 例如，某事业单位因工作需要，对部分领导干部进行岗位调整，调整前进行了充分的民主推荐和考察，调整后进行了公示，且调整后的岗位与领导干部的职责、能力相匹配，这种调换就是合法的。
基于工作需要和合理理由：
- 如果调换领导干部是基于工作需要，如为了优化领导班子结构、提高工作效率、推动事业发展等合理理由，且调换过程公开透明，那么这种调换也是合法的。
- 例如，某事业单位因业务拓展需要，将一位具有丰富市场经验的领导干部调至市场部门担任负责人，以更好地推动业务发展，这种调换就是基于工作需要的合法调换。
二、可能不合法的情况
违反组织程序和规定：
- 如果事业单位在调换领导干部时，未按照规定的程序进行，如未经民主推荐、考察、公示等环节，或者违反了相关人事管理规定，那么这种调换可能是不合法的。
- 例如，某事业单位领导私自决定调换某位领导干部的岗位，未经过任何民主程序和考察，这种调换就可能因违反组织程序而不合法。
存在不正当目的或利益输送：
- 如果调换领导干部是出于不正当目的，如为了安排特定人员、进行利益输送等，那么这种调换也是不合法的。
- 例如，某事业单位领导为了安排自己的亲属或利益相关人担任重要岗位，而私自调换其他领导干部的岗位，这种调换就可能因存在不正当目的而不合法。
三、法律建议
对于事业单位：
- 在进行领导干部调换时，应严格按照组织程序和规定进行，确保调换过程的公开、透明和合法。
- 调换领导干部应基于工作需要和合理理由，避免出于不正当目的或进行利益输送。
对于领导干部：
- 如果认为自己的岗位调换不合法或存在不正当目的，可以向上级主管部门或纪检监察机关反映情况，寻求帮助和支持。
- 在调换过程中，应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言论，以免给自己带来不必要的麻烦。
若您遇到事业单位年底调换领导干部的情况，且对调换的合法性存在疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。