结论前置：发工资是否可以按部门发放，需结合具体情况判断，法律并未禁止按部门发放工资，但需满足工资支付的基本原则和程序要求。以下从不同角度展开说明：

1. 法律对工资发放形式的要求
   根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。法律并未强制要求工资必须统一发放或按特定单位（如个人、部门）发放，因此按部门发放工资本身不违反法律规定。但需注意：

   • 工资项目（如基本工资、奖金、津贴等）需符合劳动合同或集体合同的约定；
     
   • 发放周期（如按月、按季）需符合法律规定或合同约定；
     
   • 不得通过部门划分规避最低工资标准、加班费计算等强制性规定。

2. 按部门发放工资的合理性边界
   若企业选择按部门发放工资，需确保以下条件：

   • 程序合法：需通过民主程序（如职工代表大会）制定工资分配制度，或与劳动者协商一致后实施；
     
   • 公平透明：部门间工资差异需基于岗位价值、绩效贡献等合理因素，避免因性别、年龄等歧视性因素导致不公；
     
   • 记录完备：需保留工资发放明细（如部门工资表、个人签字确认记录），以备劳动监察或争议举证。
     示例：若某部门因业绩突出获得额外奖金，企业可按部门发放，但需在制度中明确奖金计算规则，并确保全员知晓。

3. 潜在风险与应对建议

   • 风险点：若按部门发放导致部分劳动者工资低于最低标准、未足额支付加班费，或未依法缴纳社保（以部门平均工资为基数），可能引发劳动争议。
     
   • 建议：
     
     • 定期审计工资发放记录，确保符合《劳动法》第四十八条（最低工资标准）、第四十四条（加班费计算）等规定；
       
     • 在劳动合同中明确工资构成及发放方式，避免模糊表述；
       
     • 若涉及部门间工资调整，需提前与劳动者沟通并留存书面同意记录。

总结：按部门发放工资具有合法性空间，但企业需严格遵守工资支付的法律原则，确保程序公平、记录完整。如有具体操作疑问，可直接向我咨询，我会结合您的行业和地区政策进一步分析。