结论前置：档案中存在原单位两份解除劳动关系证明，并不直接决定您能否起诉原单位，关键在于解除劳动关系的合法性、证据的充分性以及是否符合诉讼时效等条件。以下从多个角度为您详细分析：
一、解除劳动关系的合法性
违法解除：
- 若原单位解除劳动关系的行为缺乏正当理由或未遵循法定程序（如未提前通知、未支付经济补偿等），则构成违法解除。在此情况下，您不仅可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向法院提起诉讼，要求原单位支付违法解除劳动关系的赔偿金，赔偿金标准通常是经济补偿标准的二倍。
合法解除：
- 若原单位解除劳动关系是基于合法的理由且符合相关法律法规和劳动合同的规定，那么起诉可能不会有太大意义。因为合法解除劳动关系是原单位的正当权利，您无法因此要求赔偿或恢复劳动关系。
二、证据的充分性
- 档案中的两份解除劳动关系证明：这两份证明可能反映了原单位在解除劳动关系过程中的某种不规范行为或内部管理混乱。然而，仅凭这两份证明并不足以直接证明原单位违法解除劳动关系。您还需要收集其他证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、解除劳动关系通知书、沟通聊天记录、证人证言、社保记录等，以形成完整的证据链，证明原单位解除劳动关系的违法性。
三、诉讼时效
- 劳动争议申请仲裁的时效期间：根据相关法律法规，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，您需要在发现原单位违法解除劳动关系后的一年内申请仲裁，并在对仲裁结果不满意时，在规定时间内（一般是收到仲裁裁决书之日起十五日内）向人民法院提起诉讼。超过这个时效期限，您可能会丧失法律保护。
四、可能的法律后果
- 若起诉成功：您可能获得违法解除劳动关系的赔偿金、经济补偿金等，以及要求原单位办理档案和社会保险关系转移手续等附随义务。
- 若起诉失败：您可能需要承担诉讼费用，且无法获得预期的赔偿或恢复劳动关系。
五、建议与行动
- 评估解除劳动关系的合法性：在决定起诉之前，仔细评估原单位解除劳动关系的合法性，确保有充分的理由和证据支持您的主张。
- 收集证据：积极收集能支持自己主张的证据，包括但不限于上述提到的各类证据。
- 咨询与代理：鉴于劳动争议案件的复杂性和专业性，建议您在正式提起诉讼之前，向我咨询相关法律问题，我可以帮助您评估案件的可行性、准备诉讼材料、提供法律建议，并在整个过程中提供支持。
综上所述，档案中存在原单位两份解除劳动关系证明并不直接决定您能否起诉原单位。您需要综合考虑解除劳动关系的合法性、证据的充分性以及诉讼时效等因素，并在必要时寻求专业法律帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。