结论前置：工伤经过司法所调解，公司已经支付赔偿金后，劳动者仍然有权申请劳动仲裁，仲裁委在符合法定条件的情况下会受理。
一、法律依据与受理条件
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁委员会负责受理和调解劳动争议案件。工伤赔偿纠纷作为劳动纠纷的一种，当事人在协商不成或达成和解协议后不履行的情况下，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。具体来说，无论工伤是否已认定，只要劳动者认为自身权益受到损害，均可在法定时效内提交仲裁申请。
未认定工伤的情况：若劳动者在未经工伤认定和伤残等级评定的情况下与用人单位达成赔偿协议，但随后发现权益受损，提交仲裁的，仲裁委将依据工伤认定和伤残等级鉴定结论受理案件，并以伤残等级鉴定结论到达劳动者之日作为诉讼时效的起点。
已认定工伤的情况：若劳动者在工伤认定和伤残等级评定后与用人单位达成赔偿协议，但后续发现赔偿金额低于法定标准或存在其他争议，请求仲裁的，仲裁委员会将以双方签订赔偿协议之日为诉讼时效的起点，并决定用人单位是否需要补足低于工伤保险待遇的差额。
二、仲裁时效与申请流程
仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。即从工伤事故发生或劳动者知道其权利被侵害之日起，劳动者需在一年内提出仲裁申请，否则可能丧失申请仲裁的权利。但需要注意的是，若因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断的，仲裁时效期间将重新计算。
申请流程：劳动者在申请劳动仲裁时，需按照法律规定提交书面仲裁申请，并附带相关证据材料，如工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论、劳动关系证明材料、医疗诊断证明等。若书写困难，也可口头申请，由劳动争议仲裁委员会记入笔录并告知对方当事人。
三、可能的具体争议情况
赔偿金额争议：若劳动者认为所获赔偿金额低于法定标准，如用人单位未按实际工资足额缴纳工伤保险费导致的差额，可与用人单位协商，协商不成则申请仲裁要求补足。
赔偿项目遗漏：若用人单位或工伤保险机构遗漏了法定的赔偿项目，如护理费、后续治疗费等，劳动者可通过仲裁要求补充支付。
后续治疗费用争议：工伤复发或伤情变化产生的后续治疗费用承担问题，若与用人单位或工伤保险机构产生争议，劳动者可申请仲裁解决。
劳动关系解除相关争议：工伤职工在与用人单位解除劳动关系时，对于一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等费用的支付标准和金额存在争议，同样可以申请仲裁。
四、建议与注意事项
证据收集：在申请劳动仲裁前，劳动者应充分收集相关证据，以确保仲裁庭能准确认定事实并作出公正裁决。
及时申请：注意仲裁时效，避免因超过时效而丧失申请仲裁的权利。
地区差异：具体的程序和要求可能因地区而异，建议劳动者在申请仲裁前咨询当地劳动法律专业人士，以获取准确的指导和帮助。
综上所述，工伤经过司法所调解，公司已经支付赔偿金后，劳动者在面临未解决的争议或新的纠纷时，完全有权依据相关法律法规申请劳动仲裁。在申请过程中，劳动者应注意证据的收集和程序的遵循，以确保仲裁申请的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。