结论：员工违纪时，企业依据内部制度调减绩效工资是否合法，需分情况讨论，主要取决于企业内部制度的合法性、合理性以及调减工资的具体操作方式。

1. 企业内部制度的合法性是基础

• 制度制定程序合法：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若企业内部制度未经此程序制定或修改，则可能因程序违法而被认定无效。
• 制度内容合法：企业内部制度的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，若制度中规定“员工违纪一次即扣除全部绩效工资”，这样的条款可能因显失公平而被认定无效。

2. 调减绩效工资需合理且符合制度规定

• 合理性原则：即使企业内部制度合法，企业在调减员工绩效工资时也需遵循合理性原则。调减的幅度应与员工违纪行为的性质、情节及后果相适应，不得过度惩罚。例如，员工轻微违纪（如迟到几分钟）与严重违纪（如盗窃公司财物）的调减幅度应有显著差异。
• 符合制度规定：企业调减员工绩效工资必须依据内部制度的具体规定进行。若制度中未明确规定违纪行为与绩效工资调减的对应关系，或规定模糊不清，则企业不得随意调减员工绩效工资。

3. 调减工资的具体操作方式需合规

• 提前告知：企业在调减员工绩效工资前，应提前告知员工违纪事实、调减依据及调减幅度，确保员工知情权。
• 书面记录：企业应制作书面记录，详细记录员工违纪事实、调减依据、调减幅度及员工意见（如有），并由双方签字确认。这有助于避免后续纠纷。
• 不得低于最低工资标准：根据《劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，企业在调减员工绩效工资时，应确保员工实际领取的工资不低于当地最低工资标准。

4. 特殊情况下的处理

• 严重违纪解除劳动合同：若员工违纪行为严重到构成《劳动合同法》第三十九条规定的情形（如严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等），用人单位有权解除劳动合同，并无需支付经济补偿。在此情况下，调减绩效工资已非必要。
• 员工异议处理：若员工对企业调减绩效工资的决定有异议，可依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。企业应积极应对，提供充分证据证明调减决定的合法性与合理性。

建议：企业在制定内部制度时，应确保制度合法、合理且具体明确；在调减员工绩效工资时，应遵循合法、合理、合规的原则，确保操作透明、公正。若遇到复杂情况或员工异议，建议及时咨询专业律师，以维护企业合法权益。有问题可以直接向我咨询。