结论前置：员工违反内部规定，公司扣减其薪酬绩效是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度合法性角度
- 合法情形：若公司的规章制度（包括薪酬绩效管理制度）是依法制定的，即经过了民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者进行了公示或告知，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么公司依据该规章制度对违反规定的员工进行薪酬绩效扣减，通常是合法的。例如，员工因严重违反考勤制度，按照公司规定被扣减部分绩效奖金，且该规定在员工入职时已明确告知，此种情况下公司的扣减行为一般不违法。
- 违法情形：若公司的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示、告知，或者内容本身违反法律、行政法规及政策规定（如规定员工迟到一次就扣减全部工资等），那么公司依据该规章制度扣减员工薪酬绩效就是违法的。
扣减幅度合理性角度
- 合理情形：即使公司的规章制度合法，扣减薪酬绩效的幅度也应当合理。如果扣减的幅度与员工违反规定的情节、后果相适应，且不影响员工的基本生活，那么这种扣减通常是合理的。例如，员工因轻微违反工作纪律被扣减少量绩效奖金，且扣减后其工资仍不低于当地最低工资标准，此种情况下公司的扣减行为一般被认为是合理的。
- 不合理情形：如果公司扣减薪酬绩效的幅度过大，或者与员工违反规定的情节、后果不相适应，甚至导致员工工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减就是不合理的，也是违法的。例如，员工因一次小错误就被扣减全部工资，导致无法维持基本生活，此种情况下公司的扣减行为就是违法的。
法律依据角度
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”以及《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。” 除此之外，用人单位不得随意扣减劳动者工资。若公司扣减薪酬绩效的行为不符合上述规定，则可能构成违法。
建议：
- 对于公司而言，在制定和执行薪酬绩效管理制度时，应确保规章制度的合法性、合理性和透明度，避免因制度问题引发劳动纠纷。
- 对于员工而言，若认为公司扣减薪酬绩效的行为违法或不合理，可以与公司进行协商沟通，要求公司说明扣减的依据和理由；若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
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