企业内部制定的关于员工违纪行为处罚的规定，在符合一定条件时是合法的。以下从多个角度为您详细分析：
法律规定角度
企业罚款权的限制：
- 自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未直接赋予企业罚款权。罚款作为行政处罚权，主要由行政机关行使，企业一般无权直接对员工进行罚款。
扣减工资的合法情形：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因个人原因给企业造成经济损失，企业可按劳动合同约定要求赔偿，并从劳动者工资中扣除，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后不得低于当地最低工资标准。
实务认定角度
合法情形：
- 规章制度制定程序合法：企业制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，确保程序的民主性和合法性。
- 规章制度内容合法合理：规章制度内容不得违反法律法规，且应合理。例如，罚款金额应与违规行为的严重程度相匹配，避免显失公平或过度处罚。
- 规章制度公示或告知：企业应通过培训、发放员工手册等方式确保员工知晓规章制度内容，以便员工遵守。
- 有充分证据：企业对员工进行处罚前，需收集充分的证据证明其违规行为，确保处罚的公正性和合理性。
不合法情形：
- 规章制度本身不合法：若规章制度未经民主程序制定或内容违法，则依此进行的处罚不合法。
- 缺乏事实依据：仅凭口头举报等无实质性证据即对员工进行处罚，属不合法行为。
- 处罚过重：若处罚金额过高或处罚方式过于严厉，超出合理范围，也可能被认定为不合法。
实际操作建议
企业方面：
- 在制定内部处罚制度时，应确保制度的合法性、合理性及透明性，并严格按照法定程序执行。
- 定期对规章制度进行审查和更新，确保其符合最新法律法规要求。
- 在对员工进行处罚前，应充分收集证据，确保处罚的公正性和合理性。
员工方面：
- 有权了解企业内部处罚制度的依据和理由，如认为处罚不合理或不合法，可寻求法律咨询或向相关部门投诉。
- 在面对处罚时，应保持冷静，积极与企业沟通协商，寻求合理解决方案。
举例说明：
假设某企业制定了一项规章制度，规定员工迟到一次罚款50元。若该规章制度未经职工代表大会讨论通过，且未向员工公示或告知，则该规章制度不合法，企业依据此规章制度对员工进行罚款的行为也不合法。相反，若该规章制度经过民主程序制定，内容合理且已向员工公示或告知，且企业有充分证据证明员工确实迟到，则企业依据此规章制度对员工进行罚款的行为是合法的。
综上所述，企业内部制定的关于员工违纪行为处罚的规定的合法性取决于多个因素，包括制定程序、内容合法性、公示或告知情况以及是否有充分证据支持等。企业和员工都应充分了解相关法律法规，确保自身权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。