员工违反劳动纪律扣发绩效工资是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从合法与非法两种情形进行详细分析：
合法扣发绩效工资的情形
有明确且合理的考核制度：
- 用人单位必须制定明确、合理且经过民主程序制定的绩效考核制度，并向劳动者公示或告知。该制度应详细规定绩效工资的考核标准、发放方式及扣除情形。若劳动者因违反劳动纪律未达到相应绩效标准，用人单位按制度扣减绩效工资是合法的。例如，公司规定员工迟到超过一定次数将扣减部分绩效工资，且这一规定已在员工入职时通过员工手册等方式明确告知。
符合劳动合同约定：
- 劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件、标准和方式，包括违反劳动纪律时的扣减办法。若劳动者违反劳动纪律未满足约定的绩效发放条件，用人单位有权按照合同约定扣除绩效工资，且不违反劳动法规定。
扣除比例合法：
- 根据《工资支付暂行规定》，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，可从其工资中扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若违反劳动纪律给公司造成经济损失，公司可按照此规定扣除绩效工资。
非法扣发绩效工资的情形
缺乏明确依据：
- 若劳动合同和规章制度中均无关于因违反劳动纪律扣除绩效工资的明确规定，用人单位随意以违反纪律为由扣除劳动者工资，则此行为违法。
考核标准不合理或不透明：
- 绩效考核标准应公平、合理且具有可操作性。若标准过于苛刻、不合理或在考核过程中缺乏透明度，导致劳动者无法通过正常努力达到标准而被扣除绩效工资，则此扣除行为可能违法。例如，公司突然更改考核标准，导致员工因不知情而违反新标准被扣绩效。
恶意扣减或以纪律之名惩罚：
- 用人单位不得以扣除绩效工资作为对劳动者的惩罚手段。例如，因员工迟到或请假等轻微违纪行为而大幅扣除绩效工资，此行为违法。除非这些行为给公司造成了重大经济损失，且扣除比例符合法律规定。
制度存在漏洞或显失公平：
- 若绩效考核制度本身存在重大漏洞、显失公平或未经民主程序制定、未向员工公示等，则依据该制度扣除绩效工资的行为可能违法。例如，公司制定的考核制度只针对部分员工，而对其他员工不适用，这种制度显失公平。
扣除后低于最低工资标准：
- 即使用人单位有合理的绩效考核制度和扣除理由，但若扣除绩效工资后员工的工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为违法。
维权建议
若劳动者认为用人单位因违反劳动纪律扣除绩效工资的行为不合法，可采取以下措施维护自身权益：
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣除理由并提供依据。
- 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉举报。
- 申请仲裁：依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。
- 提起诉讼：对仲裁裁决不服的，可向人民法院提起诉讼。
总结来看，员工违反劳动纪律扣发绩效工资是否合法，取决于是否有明确且合理的考核制度、是否符合劳动合同约定、是否遵循法定程序及扣除后工资是否不低于最低工资标准等因素。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自身权益和法律规定，并依法采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。