公司可以变更员工手册，但需满足法定程序和实质要件，否则可能因违法而无效。具体分析如下：

1. 变更的合法性基础
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度（如员工手册）时，需经民主程序（与工会或职工代表协商）并公示告知劳动者。若未履行这两项程序，变更内容可能被认定为无效，劳动者有权拒绝执行。

2. 变更的实质要件

   • 内容合法性：变更后的条款不得违反法律强制性规定（如最低工资、加班限制、解除合同条件等）。例如，若将“迟到3次即辞退”改为“迟到1次即辞退”，可能因违反《劳动合同法》第三十九条的合理性要求而被认定违法。
     
   • 合理性审查：即使程序合法，内容也需符合公平原则。例如，若变更后大幅增加考核指标但未同步调整薪酬，可能因显失公平被仲裁或诉讼中撤销。

3. 变更的生效条件

   • 公示告知：公司需通过培训、签字确认、邮件通知等方式确保劳动者知悉变更内容。若劳动者能证明未收到通知（如未签字且公司无法证明已送达），可主张变更对其不生效。
     
   • 劳动者同意的例外：若变更内容涉及降低劳动条件（如降薪、调岗），需劳动者书面同意，否则公司可能构成单方违法变更，劳动者可要求继续履行原合同或主张经济补偿。

4. 实践建议

   • 程序合规：变更前召开职工代表大会或全体职工讨论，保留会议记录、投票结果等证据；变更后通过培训签到、邮件回执等方式固定告知事实。
     
   • 内容审慎：避免直接修改核心权益条款（如薪酬、工时、解除条件），若需调整，建议通过协商签订补充协议。
     
   • 风险规避：在员工手册中预留“公司可根据经营需要调整部分条款，但需提前30日通知并协商”的兜底条款，降低后续争议风险。

若公司已履行民主程序和公示义务，且内容合法合理，变更有效；反之则可能面临劳动仲裁或诉讼风险。如有具体变更条款或程序疑问，可直接向我咨询，我会结合案例和地方规定进一步分析。