针对您提出的“加班时间申请休假公司罚款是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，公司因劳动者在加班时间申请休假而进行罚款是不合法的行为。以下是我为您详细分析的法律依据和理由：

首先，我们要明确的是，加班并非劳动者的法定义务，而是基于用人单位生产经营需要，并与工会和劳动者协商一致后进行的。根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条的规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，必须与工会和劳动者协商，且加班时长有明确的限制。这表明，加班是双方协商一致的结果，劳动者有权根据自己的实际情况和意愿决定是否加班。

其次，公司无权对不加班或申请在加班时间休假的劳动者进行罚款。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条以及《工资支付暂行规定》第十五条的相关规定，用人单位不得违反规定延长劳动者工作时间，也不得克扣劳动者工资。罚款作为克扣工资的一种形式，公司是无权实施的。此外，罚款是行政处罚的一种，只能由法定的国家机关在法定权限范围内实施，公司作为民事主体，并不具备罚款的权力。

如果公司因您在加班时间申请休假而对您进行罚款，这是对您合法权益的侵害。您有权与公司进行协商，要求返还罚款；如果协商不成，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。

最后，我建议您在处理此类问题时，保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。同时，也希望公司能够严格遵守相关法律法规，合理安排工作时间和休息时间，尊重并保障劳动者的合法权益。