劳务派遣员工怀孕后的生育津贴，原则上由用人单位（即劳务派遣单位）来承担，但具体支付方式可能因地区和派遣协议的不同而有所差异。以下是对这一问题的详细分析：

一、生育津贴的支付主体

根据《女职工劳动保护特别规定》以及相关劳动法律法规，生育津贴是女职工在生育期间依法享受的待遇，用于保障女职工在生育期间的基本生活需要。在劳务派遣关系中，劳务派遣单位作为用人单位，与被派遣劳动者建立了劳动关系，因此应当承担支付生育津贴的义务。

二、生育津贴的支付方式

1. 直接支付：劳务派遣单位可以直接将生育津贴支付给被派遣女职工。这种方式简单直接，能够确保女职工及时获得生育津贴。

2. 通过用工单位支付：在某些情况下，劳务派遣单位可能与用工单位在派遣协议中约定，由用工单位代为支付生育津贴。但这种约定并不改变生育津贴的支付主体，用工单位只是代为支付，最终责任仍由劳务派遣单位承担。如果用工单位未按照约定支付生育津贴，劳务派遣单位仍需承担支付责任。

三、地区差异与派遣协议的影响

1. 地区差异：不同地区的劳动保障政策可能有所不同，对生育津贴的支付方式和标准也可能存在差异。因此，在具体操作中，需要参考当地的劳动保障政策来确定生育津贴的支付方式和标准。

2. 派遣协议：劳务派遣单位与用工单位之间的派遣协议是确定双方权利和义务的重要依据。如果派遣协议中明确约定了生育津贴的支付方式和责任承担，那么双方应当按照协议约定来执行。但需要注意的是，派遣协议中的约定不得违反法律法规的强制性规定。

四、法律建议

1. 对于劳务派遣单位：应当明确自己在生育津贴支付方面的义务和责任，确保及时、足额支付生育津贴给被派遣女职工。同时，在与用工单位签订派遣协议时，应当明确约定生育津贴的支付方式和责任承担，以避免不必要的纠纷。

2. 对于被派遣女职工：应当了解自己的权益和义务，及时向劳务派遣单位或用工单位了解生育津贴的支付情况和标准。如果发现自己的权益受到侵害，可以依法向劳动保障部门投诉或寻求法律援助。

3. 对于用工单位：虽然生育津贴的支付主体是劳务派遣单位，但用工单位也应当积极配合劳务派遣单位做好生育津贴的支付工作。如果双方在派遣协议中约定了由用工单位代为支付生育津贴，那么用工单位应当按照约定及时支付。

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