工程公司让出纳通过微信支付供货商货款和劳务工工资，这一行为本身并不直接违法，但可能存在合规风险和财务管理上的问题。以下从不同角度进行分析：
一、支付方式的合法性
支付方式的一般原则：
- 在商业交易中，支付方式的选择通常由交易双方协商确定，只要双方同意，且支付方式不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
- 微信支付作为一种电子支付方式，在日常生活和商业活动中被广泛使用，其本身并不违法。
特定场景下的合规性：
- 对于工程公司而言，使用微信支付供货商货款和劳务工工资，关键在于是否符合公司内部的财务管理制度和相关法律法规的要求。
- 如果公司内部有明确的支付流程和审批机制，且微信支付符合这些流程和机制，同时不违反税收、财务报告等法律法规，那么这种支付方式就是合规的。
二、可能存在的合规风险和财务管理问题
财务管理不规范：
- 使用微信支付可能使得公司的资金流动难以追踪和记录，增加财务管理的难度和风险。
- 如果公司没有建立完善的微信支付管理制度，可能导致资金流失、挪用或滥用等风险。
税务合规问题：
- 微信支付可能涉及税务申报和缴纳的问题。如果公司没有正确记录和申报这些支付，可能面临税务违规的风险。
- 特别是对于劳务工工资，如果公司没有按照税法规定代扣代缴个人所得税，将可能面临税务处罚。
合同和证据保留问题：
- 微信支付可能缺乏正式的合同和支付凭证，这在发生纠纷时可能难以证明交易的真实性和合法性。
- 对于供货商货款和劳务工工资，建议公司使用更正式的支付方式，并保留完整的合同和支付凭证。
三、建议
完善公司内部管理制度：
- 工程公司应建立完善的财务管理制度，明确支付流程和审批机制，确保所有支付都符合公司规定和法律法规要求。
- 对于微信支付等电子支付方式，应制定专门的管理规定，明确使用范围和审批流程。
加强税务合规管理：
- 公司应确保所有支付都按照税法规定进行申报和缴纳，特别是对于劳务工工资，应代扣代缴个人所得税。
- 可以考虑咨询专业税务机构或律师，确保公司的税务合规性。
保留完整证据和合同：
- 对于所有支付，公司应保留完整的合同和支付凭证，以便在发生纠纷时能够证明交易的真实性和合法性。
- 可以考虑使用电子合同和电子支付凭证等更正式的方式，提高证据的可靠性和有效性。
如果您在工程公司的经营管理或上市过程中遇到任何法律问题，特别是与劳动工伤（工资福利）或公司法务（经营管理/上市）相关的问题，欢迎直接向我咨询。