农民工工资问题，一般应申请劳动仲裁立案；若涉及拖欠工程款等情形，可向法院提起民事诉讼立案。具体分析如下：
劳动仲裁立案：
- 适用情形：当农民工与用人单位之间因工资支付问题产生争议，且该争议属于劳动争议范畴时（如未签订劳动合同、未按时足额支付工资等），应首先向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁立案。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁是劳动争议处理的前置程序，对于劳动争议案件，当事人应先申请仲裁，对仲裁裁决不服的，方可向人民法院提起诉讼。
- 流程：农民工需准备相关证据材料（如工作证、工资条、考勤记录等），向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的指引参与仲裁程序。
民事诉讼立案：
- 适用情形：若农民工的工资问题并非直接与用人单位之间的劳动争议，而是涉及拖欠工程款、分包合同纠纷等情形，且该纠纷不属于劳动争议范畴，则可直接向人民法院提起民事诉讼立案。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，公民、法人或其他组织之间因财产关系和人身关系发生纠纷，可向人民法院提起民事诉讼。
- 流程：农民工需准备起诉状及相关证据材料（如合同、欠条、结算单等），向有管辖权的人民法院提交起诉状，并按照法院的指引参与诉讼程序。