结论：公寓出差期间不知情多开了住宿费发票并报销，是否违纪需分情况讨论，主要取决于报销行为是否违反公司规章制度、是否构成虚开发票以及是否涉及税务违法等问题。以下从不同角度进行分析：
一、从公司规章制度角度
若公司规章制度明确禁止虚报费用：
- 即使您不知情多开了发票，但如果报销行为客观上违反了公司的规章制度，公司有权依据内部规定对您进行纪律处分，如警告、罚款、甚至解除劳动合同等。
- 建议：立即向公司说明情况，主动退回多报销的费用，并配合公司进行调查，以减轻或避免可能的纪律处分。
若公司规章制度未明确禁止或规定不明确：
- 在这种情况下，公司可能难以直接对您进行纪律处分，但仍有权要求您解释报销行为，并可能根据公司的价值观和道德准则进行内部处理。
- 建议：同样应主动向公司说明情况，表达歉意，并承诺今后严格遵守公司规章制度。
二、从虚开发票角度
若多开发票行为构成虚开发票：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，虚开发票是违法行为，可能面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 若您知情或应当知情：您可能因共同违法而承担法律责任。但在此案例中，您表示不知情，若能提供充分证据证明，则可能免除或减轻法律责任。
- 建议：立即停止报销行为，主动向税务机关说明情况，配合调查，并积极纠正错误。
若多开发票行为不构成虚开发票：
- 如果多开的发票是基于真实的住宿消费，只是由于疏忽或误解而多开了金额，且您确实不知情，那么这种行为可能不构成虚开发票。
- 但：即使不构成虚开发票，如果报销金额超过了实际消费金额，仍然可能违反公司的报销政策或财务规定。
- 建议：同样应主动向公司说明情况，退回多报销的费用，并加强与财务部门的沟通，确保今后报销行为的准确性。
三、从税务违法角度
- 若多开发票导致公司少缴税款：
- 如果多开的发票被用于公司税务申报，导致公司少缴了税款，那么这种行为可能构成税务违法。
- 责任：作为报销人，您可能因间接导致公司税务违法而承担一定的法律责任，尽管您表示不知情。
- 建议：立即向公司财务部门和税务机关说明情况，配合补缴税款和滞纳金，并加强税务知识的学习，避免类似情况再次发生。
总结与进一步行动建议：
- 立即行动：无论哪种情况，您都应立即停止报销行为，主动向公司说明情况，并退回多报销的费用。
- 配合调查：积极配合公司和税务机关的调查，提供必要的证据和解释。
- 加强学习：加强对公司规章制度、发票管理规定以及税务法律法规的学习，提高法律意识和合规意识。
- 咨询专业：如有需要，可向我咨询具体的法律问题和应对策略，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。
希望以上分析能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。