核心结论：连续病假三个月工资的处理方式需根据病假性质（医疗期或非医疗期）、地区规定及单位规章制度综合判断，具体如下：

1. 医疗期内病假工资
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限，具体时长根据工龄和单位工作年限确定（如实际工作10年以下、在本单位工作5年以下的为3个月）。
   

• 工资标准：医疗期内，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（部分地区如上海规定按工龄分段计算，最低不低于最低工资标准）。
  
• 法律依据：《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条明确，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。

1. 非医疗期病假工资
   若病假超过医疗期，或单位规章制度对非医疗期病假有特殊规定（如按事假处理），则需按以下规则处理：
   

• 单位规章制度合法性：若单位规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示）且不违反法律强制性规定（如不得低于最低工资标准），可按制度执行。例如，部分单位规定非医疗期病假按日工资的50%发放，但需确保最终工资不低于最低工资标准。
  
• 协商或解除劳动合同：若病假超过医疗期且无法继续工作，单位可与劳动者协商解除劳动合同，并依法支付经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）；若单位单方解除，需符合《劳动合同法》第40条“医疗期满后不能从事原工作也不能从事另行安排的工作”的情形，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金（经济补偿的2倍）。

1. 地区差异补充
   部分地区对病假工资有更高要求，例如：
   

• 上海：医疗期工资按工龄分段计算，工龄6个月以下的按本人工资的60%发放，6个月以上的按50%发放，但均不得低于最低工资标准。
  
• 广东：明确医疗期工资不得低于当地最低工资标准的80%，且单位不得因病假降低劳动者其他福利待遇（如年终奖、岗位津贴）。

行动建议：

1. 核对本人医疗期时长（可向单位HR或当地劳动部门咨询）；
   
2. 查阅单位规章制度中关于病假工资的规定，确认是否合法；
   
3. 若单位未按标准支付，可先协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
   
4. 若病假超过医疗期且单位提出解除合同，务必要求单位出具书面通知，并核对经济补偿计算是否合法。
   

如有进一步疑问（如具体地区规定、单位制度合法性判断），可直接向我咨询。