劳动争议中，确实存在一部分案件适用一裁终局制度，而另一部分则不适用，这两种情形的案件在仲裁程序中是分开处理的，不会合并判决。以下是对这一问题的详细分析：

一、一裁终局的情形

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十七条的规定，以下两类劳动争议案件实行一裁终局制度：

1. 追索劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金，且争议金额不超过当地月最低工资标准十二个月金额的案件：

   • 这类案件通常涉及金额较小，事实相对清晰，因此法律赋予其一裁终局的效力，以快速解决争议，减轻当事人的诉累。
   • 例如，若当地月最低工资标准为2000元，则涉及金额不超过24000元（2000元×12个月）的此类争议，将适用一裁终局。

2. 因执行国家劳动标准在工作时间、休息休假、社会保险等方面发生的争议：

   • 这类案件涉及的是国家劳动标准的执行问题，通常事实明确，争议焦点集中，因此也适用一裁终局制度。
   • 如用人单位未按规定安排劳动者休息休假，劳动者提起仲裁的此类案件，同样适用一裁终局。

二、非一裁终局的情况

对于上述一裁终局情形以外的其他劳动争议案件，如争议金额较大、事实复杂或涉及多个法律关系的案件，则不适用一裁终局制度。当事人如果不服仲裁裁决，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。若期满未提起诉讼，则仲裁裁决书发生法律效力。

三、分开判决的实践操作

在仲裁程序中，仲裁庭会根据案件的具体情况，分别判断其是否适用一裁终局制度。对于适用一裁终局的案件，仲裁庭会直接作出终局裁决；对于不适用一裁终局的案件，仲裁庭则会作出非终局裁决，并告知当事人有权向人民法院提起诉讼。因此，这两种情形的案件在仲裁程序中是分开处理的，不会合并判决。

四、对一裁终局的救济途径

1. 劳动者：若劳动者对一裁终局的仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，以寻求进一步的法律救济。

2. 用人单位：用人单位对一裁终局的仲裁裁决不能向法院起诉或再次申请仲裁，但若认为裁决存在法定情形之一（如适用法律、法规确有错误、劳动争议仲裁委员会无管辖权、违反法定程序等），可以在收到仲裁裁决书之日起三十日内向劳动争议仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。

总结：劳动争议中的一裁终局制度旨在快速解决部分简单、明确的案件，而对于复杂或争议较大的案件，则仍需通过诉讼程序来确保公正处理。无论是劳动者还是用人单位，在面临劳动争议时，都应充分了解相关法律规定，以便选择正确的救济途径维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。