核心结论：年休假超休在离职时的结算需分情况讨论，主要取决于超休的性质（是否属于带薪年休假超休）以及公司规章制度的规定。以下是具体分析：

1. 带薪年休假超休且公司无特殊规定
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，用人单位与职工解除或终止劳动合同时，当年度未安排职工休满应休年休假的，应按职工当年已工作时间折算应休未休年休假天数并支付工资报酬（折算后不足1整天的部分不支付）。但若职工已实际享受的年休假天数多于折算应休天数的，用人单位无需扣回超休部分的工资，因为带薪年休假是职工的法定权利，超休部分可视为公司自愿提供的福利。

2. 带薪年休假超休但公司规章制度明确可扣回
   若公司规章制度（如员工手册、劳动合同）明确规定“年休假超休部分需在离职时从工资中扣回”，且该制度经民主程序制定并已公示或告知职工，则公司可能依据制度扣回超休部分的工资。但需注意：

   • 制度内容需合法合理，不得违反《劳动合同法》等强制性规定（如不得约定“超休年休假需按日工资3倍赔偿”等显失公平的条款）；
     
   • 扣回金额需以职工实际超休的天数为限，且不得因此导致职工离职时工资低于当地最低工资标准。

3. 非带薪年休假（如事假误记为年休假）超休
   若职工实际休的是事假，但公司误记为年休假导致“超休”，则公司有权在离职时按事假规定扣回相应工资（如事假期间不发放工资）。但公司需承担举证责任，证明职工实际未提供劳动且双方未达成“以年休假替代事假”的合意。

建议：

• 职工可先核对公司规章制度及劳动合同中关于年休假的约定，确认超休的性质及公司是否有权扣回；
  
• 若公司扣回行为涉嫌违法（如无制度依据、扣回金额不合理），可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 公司若需制定或修改年休假制度，建议提前与职工协商并履行民主程序，避免后续纠纷。
  

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