关于员工离职时年休假休超的计算问题，这确实是一个涉及员工权益和公司管理的重要环节。下面，我将结合相关法律法规和实际操作，为您详细解答。
一、年休假的基本规定
首先，我们需要明确年休假的基本天数，这是根据员工的累计工作年限来确定的：
- 累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；
- 累计工作已满10年不满20年的，年休假10天；
- 累计工作已满20年的，年休假15天。
二、离职时年休假的折算方法
当员工离职时，如果其年休假尚未休完或者已经休超（实际上，在正常情况下，公司应提前安排员工休完年休假，避免休超情况，但此处我们针对可能出现的休超情况进行说明），我们需要根据员工当年已工作时间来折算应休未休的年休假天数。
如果员工在离职前已经按照公司规定享受了当年的年休假，且未休超：
- 这种情况下，无需额外处理，员工已经享受了其应得的年休假。
如果员工在离职前年休假休超（或未休完但需折算）：
- 实际上，更常见的是需要折算未休完的年休假天数，并支付相应的工资报酬。折算公式为：
$\( \text{应休未休天数} = \left( \frac{\text{当年度在本单位已过日历天数}}{365} \right) \times \text{职工本人全年应当享受的年休假天数} - \text{当年度已安排年休假天数} \)$
- 折算后不足1整天的部分不享受年休假，即不计入应休未休天数。
- 如果员工休超了年休假：这通常意味着公司在年休假管理上存在疏忽。在正常情况下，公司应要求员工在离职前补足工作时间或按照一定比例扣回多休的年休假工资（但这需要依据公司具体规定和劳动合同约定，且需确保不违反法律法规）。然而，更合理的做法是，公司在安排年休假时即确保不超出员工应享的天数。
支付工资报酬：
- 对于未休完的年休假，公司应按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（其中包含公司已支付员工正常工作期间的工资收入，即除正常工资外，还需额外支付200%的工资作为未休年休假的补偿）。
三、特殊情况下的处理
新进员工：
- 新进用人单位且符合享受年休假条件的员工，当年度年休假天数按照在本单位剩余日历天数折算确定。
自愿放弃年休假：
- 如果员工书面提出因个人原因不休年休假，且公司已明确告知其法律后果，公司可以只支付其正常工作期间的工资收入，无需额外支付未休年休假工资报酬。但需注意，这种放弃必须是员工的真实意思表示，且不得违反法律法规的强制性规定。
四、实际操作建议
提前沟通：
- 在员工离职前，公司应与员工进行充分沟通，了解其年休假情况，并根据实际情况安排或折算年休假。
完善制度：
- 公司应建立健全的年休假管理制度，明确年休假的申请、审批、折算和支付等流程，确保操作规范、透明。
保留证据：
- 对于年休假的安排、折算和支付等情况，公司应保留相关证据，如年休假申请单、审批单、工资支付记录等，以备不时之需。
综上所述，员工离职时年休假的计算需结合其累计工作年限和当年度在职时间进行折算，并确保公司按照法律法规支付相应的工资报酬。同时，公司应加强年休假管理，避免出现休超或未休完的情况。