当您在公司工作了三年，而公司选择不续签劳动合同时，您可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：

一、了解法律依据

首先，您需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同期满是劳动合同终止的法定情形之一。因此，公司在劳动合同到期后选择不续签，从法律层面而言是合法的。但是，这并不意味着公司无需承担任何责任。

二、与公司进行协商沟通

1. 主动沟通：在合同即将到期前或到期后，您可以主动与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，了解公司不续签的具体原因，并表达您希望续签合同的意愿。
2. 协商解决方案：如果公司确实存在困难或考虑因素，双方可以尝试协商解决方案，如调整合同条款、提供培训机会等，以达成续签合同的共识。

三、要求公司支付经济补偿

1. 计算经济补偿金：如果公司拒绝续签合同且不符合无需支付经济补偿的情形（如用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，而您不同意续订），您有权要求公司按照法律规定支付经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常是根据您在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向您支付半个月工资的经济补偿。月工资是指您在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
2. 保留证据：在要求支付经济补偿金的过程中，您应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录等，以便在必要时证明自己的权益。

四、申请劳动仲裁或提起诉讼

1. 申请劳动仲裁：如果公司与您就续签问题无法达成一致，且公司拒绝支付经济补偿金，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，您需要提交相关证据和材料，并按照仲裁委员会的要求参加仲裁庭审。
2. 提起诉讼：如果您对仲裁结果不满意，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要遵守法院的诉讼程序和要求，积极维护自己的合法权益。

五、注意事项

1. 及时行动：您应在合同到期后尽快采取行动，避免超过法律规定的时效期间而丧失维权机会。
2. 保持冷静理性：在处理此类问题时，您应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言论，以免影响问题的解决。
3. 寻求专业帮助：如果您对法律问题不熟悉或处理起来有困难，可以寻求专业律师或法律援助机构的帮助和支持。

综上所述，虽然公司在三年劳动合同到期时选择不续签是合法的，但您仍有权要求公司支付经济补偿金，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。