针对您提出的“施工单位违反程序施工监理员该怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，监理员在发现施工单位违反程序施工时，应立即采取行动，以确保施工活动的合法性和规范性。具体处理流程如下：

1. 立即制止并记录：

   • 监理员在现场发现施工单位违反程序施工时，应第一时间制止施工单位的违规行为，并详细记录违规情况，包括违规时间、地点、具体行为以及可能造成的后果等。

2. 报告上级并通知建设单位：

   • 监理员应立即将违规情况报告给其上级监理机构或负责人，并同时通知建设单位，确保各方及时了解违规情况，并共同商讨处理措施。

3. 要求施工单位整改：

   • 监理员应要求施工单位立即停止违规行为，并按照相关法律法规和施工规范进行整改。整改过程中，监理员应进行现场监督，确保整改措施得到有效执行。

4. 评估整改效果并复查：

   • 施工单位完成整改后，监理员应对整改效果进行评估，并进行复查。如果整改效果符合要求，则允许施工单位继续施工；如果整改效果不符合要求，则要求施工单位继续整改，直至达到要求为止。

5. 根据违规严重程度采取进一步措施：

   • 如果施工单位的违规行为较为严重，或者拒不整改，监理员应建议上级监理机构或建设单位采取更严厉的措施，如罚款、降低资质等级、吊销资质证书、停业整顿等。在严重情况下，还可能涉及法律诉讼，依法追究施工单位的法律责任。

6. 加强后续监管：

   • 监理员应加强对施工单位的后续监管，确保施工单位在后续施工过程中严格遵守相关法律法规和施工规范，防止类似违规行为再次发生。

此外，作为监理员，还应不断提升自身的专业素养和监管能力，熟悉相关法律法规和施工规范，以便更好地履行监理职责，保障施工活动的合法性和规范性。

综上所述，监理员在发现施工单位违反程序施工时，应立即制止并记录、报告上级并通知建设单位、要求施工单位整改、评估整改效果并复查、根据违规严重程度采取进一步措施，并加强后续监管。这些措施旨在确保施工活动的合法性和规范性，保障建筑市场的健康发展和公众的安全利益。