建设单位违反施工程序，将依据具体违规情况面临责令改正、罚款、责令停止施工、降低资质等级、吊销资质证书等多种处罚。具体分析如下：

一. 未取得施工许可证擅自施工

• 处罚措施：根据《建筑法》第六十四条，若建设单位未取得施工许可证或者开工报告未经批准即擅自施工，将面临责令改正、责令停止施工，并可以处以罚款的处罚。

二. 发包给无资质或低资质承包单位

• 处罚措施：依据《建筑法》第六十五条，若建设单位将工程发包给不具有相应资质条件的承包单位，将受到责令改正、罚款的处罚。同时，若承包单位因超越资质等级承揽工程而被查处，建设单位也可能因选择不当而承担相应责任。

三. 未按规定进行工程竣工验收备案

• 处罚措施：根据《建设工程质量管理条例》第五十六条，建设单位若未按规定进行工程竣工验收备案，将被责令改正，并处以20万元以上50万元以下的罚款。

四. 其他违规行为

• 处罚措施：建设单位若存在迫使承包方以低于成本的价格竞标、任意压缩合理工期、明示或暗示设计单位或施工单位违反工程建设强制性标准等违规行为，也将依据《建设工程质量管理条例》第五十六条的规定，面临责令改正和罚款的处罚。

我建议：建设单位应严格遵守国家关于基本建设程序的相关规定，确保施工活动的合法性与合规性。如有违反，不仅可能面临严厉的法律处罚，还可能对项目的顺利进行和工程质量造成不利影响。因此，建设单位应加强内部管理，确保各项施工程序依法依规进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。