当小商店被发现销售过期食品，且这些过期食品的价值不到一百元时，根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，商家将面临一系列处罚措施。以下是对这些处罚措施的详细解释：
一、基本处罚措施
责令停止销售：
- 工商部门或相关监管机构会首先要求商家立即停止销售所有过期食品，这是为了防止过期食品继续流通，从而避免对消费者造成潜在的健康风险。
没收违法所得和过期食品：
- 商家因销售过期食品所获得的任何收入都将被没收。
- 同时，所有未售出的过期食品，以及可能用于违法生产经营的工具、设备、原料等，也将被监管部门收缴。
罚款：
- 罚款的金额会根据违法情节的严重程度和货值金额的大小来确定。
- 对于货值金额不足一万元的情况，罚款额度通常在二千元以上五万元以下。但具体罚款金额也可能根据地区的不同、违法情节的轻重以及商家是否配合调查等因素有所调整，甚至可能达到五万元以上十万元以下。
- 如果商家能够证明其已经履行了进货查验等义务，且不知道所采购的食品不符合食品安全标准，并能如实说明进货来源，那么在某些情况下可能免予罚款，但仍需没收不符合标准的食品。
二、情节严重的处罚
- 如果商家多次出现销售过期食品等严重违法行为，或者这些违法行为已经造成了较大的社会影响，那么工商部门或相关监管机构可能会采取更严厉的处罚措施。
- 这些措施可能包括责令停产停业，即暂时或永久停止商家的食品经营活动；以及吊销许可证，即剥夺商家继续从事相关食品经营活动的资格。
三、消费者权益保护与民事赔偿
- 如果过期食品已经售出，并且给消费者造成了人身、财产或其他损害，那么商家还需要承担相应的民事赔偿责任。
- 这包括赔偿消费者的医疗费用、因食品问题导致的财产损失，以及其他相关损害。
四、建议与后续行动
- 严格遵守食品安全法规：商家应确保所有销售的食品都符合安全标准，定期检查库存食品，及时清理变质或超过保质期的食品。
- 积极配合调查：在面临工商部门或相关监管机构的检查时，商家应积极配合，提供必要的证据和材料，以减轻可能的处罚。
- 了解并维护自身权益：如果商家对处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，小商店在发现销售过期食品且价值不到一百元时，将面临一系列严格的处罚措施。因此，商家应严格遵守食品安全法规，确保销售的食品符合安全标准，以避免不必要的法律风险和经济损失。