结论：劳动合同内其他约定注明薪酬标准按部门制定公司认可的方案执行，这一条款本身并不直接违法，但其合法性及有效性取决于多个因素，包括方案的制定程序、内容是否合法合理以及是否经过双方协商一致等。
分析说明：
制定程序的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。薪酬标准作为劳动合同的重要组成部分，其制定程序也应当符合这些原则。
- 如果部门制定的薪酬方案未经公司正式认可，或者制定过程中未遵循民主程序（如未征求员工意见、未进行公示等），则可能因程序违法而影响其效力。
内容的合法性与合理性：
- 薪酬方案的内容必须符合国家法律法规的规定，不得低于当地最低工资标准，也不得存在性别、年龄、种族等歧视性条款。
- 薪酬方案应当合理，能够体现员工的劳动价值，并考虑到公司的经济承受能力。如果薪酬方案过于苛刻或不合理，可能引发劳动争议。
双方协商一致：
- 劳动合同是双方协商一致的产物，薪酬标准作为劳动合同的重要内容，也应当经过双方协商一致。如果部门制定的薪酬方案未经员工同意或认可，则可能因缺乏协商一致而无效。
特殊场景：
- 如果部门制定的薪酬方案经过公司正式认可，且制定程序合法、内容合理，并经过双方协商一致：那么这一条款在劳动合同中是合法有效的，双方应当按照约定履行。
- 如果部门制定的薪酬方案存在程序违法、内容不合理或未经协商一致等情况：则这一条款可能因违法或无效而无法执行。在这种情况下，员工有权要求公司按照法律法规的规定或双方协商一致的标准支付薪酬。
行动建议：
- 对于公司：在制定薪酬方案时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则，确保方案的制定程序合法、内容合理，并经过员工同意或认可。同时，公司应当将薪酬方案以书面形式明确告知员工，并作为劳动合同的附件或补充协议进行签订。
- 对于员工：在签订劳动合同时，应当仔细阅读薪酬条款，了解薪酬标准的制定依据和程序。如果发现薪酬方案存在违法或不合理的情况，应当及时与公司进行沟通协商，要求公司进行修改或调整。如果公司拒绝修改或调整，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
法律后果：
- 如果公司违反法律法规或劳动合同约定支付薪酬，员工有权要求公司支付拖欠的薪酬、加班费、经济补偿金等，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 如果员工因薪酬问题与公司发生争议，可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决争议，维护自己的合法权益。
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